隨後毛鈺在歸德城內將海軍的五個艦隊和幾個基地做了重新規劃和編組並且立即下達各單位遵照執行。

    海軍衙門設立司令部，駐點舟山。負責整個海軍衙門的各種指令發布。毛鈺自然就是總司令！司令部直屬內衛團一個。

    司令部下設作訓處、參謀部、情報局、後勤處、裝備部。

    其中作訓部在濟州島、舟山島、台灣島分別有騎兵、步兵和海軍訓練場，負責海軍衙門所有的的戰兵訓練計劃的製定和執行。張壽任作訓處總指揮，孔有德、尚可喜、文靈為副指揮。

    後勤處設在舟山負責全體將士的衣食住行和家屬安置以及戰後獎勵、撫恤等發放。徐玉順為後勤處副指揮。

    裝備部負責軍隊的艦船、火炮、火槍、盔甲、彈藥等所有戰場武器的研發、生產、列裝、維修。孫元化為裝備部總指揮，畢懋康、宋應星為副指揮。

    參謀部負責戰場情報整理分析、作戰計劃的製定和調整以及戰後總結分析。朱之瑜為參謀長，耿仲明兼任副參謀長。

    情報局負責國內外海陸軍以及其他有關軍士的情報收集、整理、分析、匯報、應對等。顏永林為總指揮，董建安為副指揮。

    除了舟山和台灣兩個基地外，成立北海艦隊、東海艦隊、台海艦隊、南海艦隊、太平洋艦隊和遠洋艦隊。

    北海艦隊管轄區域從流雲島到廣鹿島萬海域。不過日本除了春日山港外全部劃出。未來兩年的重點是濟州島養馬成的建設，要求從奴兒幹都司搶奪不少於兩萬匹戰馬。完成新兵補充後北海艦隊擁有海軍4500人，陸戰隊員3000人。

    同時在濟州島成立騎兵訓練營兩年內訓練騎兵一萬兩千人組建兩個騎兵師。文靈為訓練基地負責人。

    舟山艦隊更名為東海艦隊，管轄從青島到洞頭島的廣大海域以及黃河、黃河、長江、錢塘江等內河流域。

    主要停靠軍港將包括舟山、青島、崇明島、大陳島。大陳島支隊並入東海艦隊。耿仲明為總指揮，毛安、李守信為副指揮。完成編製後舟山艦隊將擁有海軍8500人，陸戰隊2000人輔兵2000人。

    舟山島擬組建兩個陸戰師，預計總兵力14000人。孔有德、尚可義擔任師指揮。下管轄兩個炮團，四個陸戰團，兩個山地團。徐玉林、沈建峰、毛輝、文善等任團長。

    金塘島組建一個內衛獨立團，毛贇任團長。包括一個重炮營兩個海防營和一個特戰營。金塘島的防衛將相對獨立。戰兵2000人。

    那霸艦隊更名為太平洋艦隊。管轄太平洋除了其他個艦隊之外的廣袤海域以及琉球、日本的護航和新大陸的探索。艦隊海軍4500人，陸戰步兵2000人。