相反一些比較機靈的流寇幹脆躲進了南京百姓家中。當然躲是躲不過的，他們不知道的是毛鈺深受網格化管理和暫住證的影響，對於外來人員的排查是別有心得。所以很多人就被揪出來，許多人被發現的時候往往挾持了當地百姓，結果自然被燧發槍一槍撂倒。

    孔有德也終於趕到了，他留下了一個師在湖州，中途還跟李自成的隊伍碰了麵，不過隻是一些零星的農民軍想要趁機劫掠的，看到孔有德的軍隊自然屁滾尿流，孔有德也沒有耽誤。等到天亮抵達南京之後就接到了命令，接替陳繼盛看守四門。陳繼盛的軍隊隨即加入清剿農民軍的行列。四萬多人的正規軍進入南京城，整個額南京城當時就穩穩當當了。

    到這個時候南京城內農民軍的數量已經大致上和毛鈺軍隊人數差不多。於是一場一麵倒的屠殺開始了！陳繼盛和尚可義、毛承福都秉承了毛鈺鍛煉隊伍的方針，讓六萬將士在南京城內衝殺，幾乎人人手上都沾滿了血。許多沒有殺過人的士兵在嘔吐出腸胃所有的東西後被長官要求清理戰場，將那些沒有死透的農民軍補上幾刀！

    隊伍推進很慢，卻很有成效，基本上所到之處馬上恢複秩序，槍聲由遠到近，再由近到遠，追著農民軍跑。許多南京的幸存的老百姓知道這是毛鈺軍路過，膽子大的也開始打開屋門看看外麵什情況，然後他們就看到了毛鈺軍將士那高大堅挺的背影和抱頭鼠竄的農民軍，所有人明白這才應該是官兵的樣子！

    許多幸存的鄉紳的私兵也開始加入了毛鈺的隊伍。甚至一些普通百姓家的青壯在父母和妻子的要求下也加入了反擊流寇的隊伍。

    從天亮持續到太陽西斜，剩下的三萬農民軍終意識到他們的闖王拋棄了他們，他們被毛鈺的軍隊包圍在了城內。毛鈺用全城百姓走誘餌給他們來了一個穩重桌別！如今更是發動全程百姓，派遣數倍的軍隊圍剿，他們那還有活路。

    毛鈺當然不是用全南京百姓做誘餌，他是沒想到馮銓等人那果斷，剛想好就直接開門揖盜。但是對於那些喪失了膽氣的農民軍來說不重要了，重要的是毛鈺準備給他們一條生路。

    放下武器聽從毛鈺的安排是如今剩下的人最明智的選擇。至於財寶，除了跟著闖王離開的人得到了他們的這一天辛苦劫掠來的錢財自然要歸毛鈺。這是毛鈺的一貫做法。等待他們的可能是去礦井挖礦，也可能是去流雲島甚至南洋，不過總比幾發子彈射殺來的好。

    最終十幾萬農民軍入城，毛鈺四麵合圍、中心開花，將十幾萬農民軍消滅的七七八八，李自成帶走了兩萬五，最後投降的有三萬，剩下四五萬人在和南京百姓的博鬥爭死亡一部分，大部分則是死在皇城和國昌隆南京總部前麵。整個額南京城充滿了血腥，也讓所有的南京人一夜驚醒，原來鬧騰了十幾年的流寇就這輕易地進入了南京。