暗部是直屬於現任火影管理的組織，隨著木葉火影的更迭，管理者也一直在隨之變化，所以暗部的直接領導者是火影這個職位，而不是某一任的火影，比如在三代退位給四代後，卡卡西等暗部就直接受四代火影波風水門管理，三代就喪失了對暗部的管理權限，但也因此，暗部的成員在身份方麵對木葉的高層並沒有隱秘可言，在行動中多少都會有所製約。

    根從創立到結束，管理者一直是團藏一人，而且麵很多成員都是從幼年開始進行封閉式培養，這些人的資料團藏並沒有與木葉高層公開，完全自己一人掌握，這也導致沒有人能在團藏不情願地情況下接手根部，甚至在宇智波滅族後，三代責令團藏解除根，也隻是一個沒有任何實質作用的命令，根名亡存實。

    對木葉的一些高層或者朋友間並沒有秘密可言，這使他們在執行任務過程中，麵具有時候形同虛設，對於一些比較見不得光的任務，顧及很多，有時候不能徹底地完成任務。

    而根的存在很大程度上彌補了這方麵的問題，在三代和團藏掌權期間，形成了一個光與暗的微妙平衡，根在團藏的授意下，做了許多三代想做而不能做的事情，而且不用擔心事情敗露或者敗露後牽扯到自己，所以雖說根提高了團藏與自己抗衡的能力，但同時，三代也從中獲利不少，這也是三代一直沒有徹底取締根這個組織的原因。

    還有一層原因對誌村團藏這個老友的愧疚，誌村團藏利用這一點無法無天。

    “團藏，這個是不是你做的！！”火影辦公室猿飛日斬對著誌村團藏怒吼得。

    一條消息卷軸上赫然寫著幾位年老的平民高層的身死，手法幹淨利落，雖然沒有實力，但是在平民中，有很大的聲望，這些都是二代火影千手扉間留下的老幹部了。

    “日斬，他們就是一群倚老賣老的握著權力不放的蛀蟲，他們會影響木葉的發展，這是為了木葉！”誌村團藏不甘示弱的回應道。

    聽到這話猿飛日斬沉默了，他又何嚐不知道啊，哎，隻能妥協，畢竟誌村團藏可是他的好友。

    見猿飛日斬不說話誌村團藏提出了根部握孤兒院的權利。

    “不可能！”猿飛日斬一口回絕，自從知道誌村團藏的殘酷的訓練方式，猿飛日斬還是有些抵觸的。