船隊離開港口的當天，哈維爾神父把若奧送到碼頭，並親手交給他兩封信，請他分別轉交給若昂三世陛下和耶穌會羅耀拉會長，若奧向哈維爾神父保證，他一定會平安地把信帶回歐洲。

    若奧的船隊離開港口後向南航行了兩天。這段時間，天空的雲量越積越多，若奧不由得有一些隱隱擔心，費南多提醒他，如果雲層再這樣累積下去，將會演變成一場巨大的暴風雨。

    若奧的擔心還是變成了現實，夜晚和暴風雨同時降臨，猛烈的風卷著雨水落了下來。為了避免船發生危險，若奧命令降帆，但風依舊把船身吹得搖搖晃晃，若奧站在甲板上指揮著水手們穩住船身。

    第二天清晨，雨越來越大，船搖晃得更加厲害。雨水落在海麵上，風帶起的巨浪把海水卷上甲板，把船身拍打的啪啪作響。大海猶如一頭發怒的猛獸，試圖要吞沒一切，颶風卷起海水拋向天空。

    第三天來臨，風終於小了起來，雨依舊淅淅瀝瀝地落在海麵上，若奧命令升起半帆，重新尋找方向，搶修受損的船身和桅杆。

    船向南進入香料諸島，若奧的船隊向著西南方向的馬六甲海峽駛去。在馬六甲靠港後，他們停留了幾天，為的是補充淡水和給養，徹底修理好破損的船隻。從馬六甲起航，若奧的船隊回到了印度，若奧專程前往果阿拜祭了卡斯特羅副王，便啟程橫渡印度洋。到達蒙巴薩港後向南繞過好望角，經曆了漫長但還算順利的航行終於回到斯本。

    若奧的船隊回到斯本的時候已經是一五五零年的六月底，九個月漫長的回航過程給若奧的水手們帶來了巨大的疲勞感。船隊進入斯本港口後，水手們迫不及待地登上岸邊，他們甚至不想在船上多停留一分鍾。若奧吩咐菲利普把航行中通過黃金和香料獲得的巨額利潤按照比例分給他的船員們，自己則馬不停蹄地趕往王宮。

    到達王宮，若奧請求衛兵替他通報，等待了一會，何塞走了出來，他領著若奧前往國王的會見廳。