避開了阿克巴大帝的寶船，數天後船隊平安抵達果阿，靠港後第二天，曼努埃爾前往總督府邸去拜訪巴雷托總督。

    此時已經是一五七五年下半年，對巴雷托總督來說，這幾年在印度的境況並不算好，他沒有實現自己的宏願，鞏固葡萄牙在印度和香料諸島的統治，在和香料諸島的原住民的戰爭中葡萄牙軍隊節節敗退，巴雷托總督已經從宮廷中得到消息，國王已經準備派遣梅內塞斯家族的年輕貴族迪奧戈·德·梅內塞斯來接替他的職位。

    曼努埃爾的這次拜訪並沒有引起巴雷托總督的太多興趣，此時總督已自顧不暇，但他為曼努埃爾開具了在東南亞和香料諸島的通行證和貿易許可，曼努埃爾在對總督表示感謝後，決定繼續向東，前往馬六甲。

    船隊繞過錫蘭島，一直向東前往馬六甲，航行還算順利，船隊平安進入馬六甲海峽，並在港口靠港。第一次登上馬六甲的土地，曼努埃爾感到十分興奮，從小時候開始費南多就告訴他，這個港口是通往東方神秘古國的必經之地，曼努埃爾和若奧一樣，對那個神秘富庶的東方古國充滿了興趣，他想看看那是一個怎樣的國家，據說那所有的人都穿著華美的絲綢，用貴重的銀作為錢幣。在馬六甲的幾天，曼努埃爾參觀了城市和教堂，對這的一切感到驚歎。