收回了南燕境地，劉裕正在營帳中思考治理南燕的事宜。甲士通報說沈林子將軍有事求見，劉裕召他進入。沈林子行禮後，將一封信呈交給劉裕，劉裕看後，震驚不已。

    信是五鬥米教首領盧循寫給沈林子將軍的，信中表明盧循打算趁劉裕遠在南燕之際掀起叛亂，攻占都城建康，並且希望沈林子能暗殺劉裕，消除這一心頭大患。

    五鬥米道又稱正一道、天師道，是道教最早的一個派別。在東漢順帝時期，由張道陵在蜀郡創立。凡入道者須出五鬥米，故得此名。五鬥米教主張人人平等、互助互愛，並以建立一個天地人與君臣民協調的太平盛世為目標，給了當時不堪重負、苦不堪言的廣大農民莫大的希望。因而五鬥米道信徒眾多。

    然而首領盧循，隻是一個借著五鬥米道來籠絡人心，掀起叛亂，以奪取政權的人物。不過那時百姓生活困苦不堪，因而盧循多次反叛，都能得到動輒幾萬人的響應。

    盧循的號召力雖強，但卻架不住劉裕的用兵如神，盧循幾次叛亂，都被劉裕鎮壓，到最後盧循被趕到荒僻的廣州之地(今廣東廣西部分範圍)，暫為割據。如今劉裕遠赴南燕，盧循便想借此天賜良機，奪取政權。

    沈林子，字敬士，年方二十，出身江南大族吳興沈氏，學富五車，寡言語，儀表不凡。父親沈穆夫曾做過孫恩(五鬥米教的前首領）的前部參軍，同年孫恩被晉軍擊敗，沈穆夫帶著族人逃匿。但遭人告發，於是沈林子的父親和四位叔父都被處死，而沈林子與兄弟們藏身山中，晝伏夜出，終幸免於難。

    盧循因著沈家曾效力於五鬥米教的緣故，所以想說服沈林子暗中相助，殺死劉裕。然而沈林子忠於劉裕，因此得到信的第一時間，就將情況報告給了劉裕。

    劉裕得密報後，速度地任命好留守的將領，然後帶著隊伍，迅速南返。

    然而在劉裕圍攻廣固之時，盧循就已經開始了他的反叛之行。等到劉裕大軍趕回建康時，建康已是岌岌可危了。

    起初，荊州刺史司馬休之指揮失利，致使盧循占據了尋陽和巴陵，阻斷了荊州和建康的必經之路，兩地無法互相救應。接著，江州各地的郡守貪生怕死，不戰而逃，盧循的將領徐道覆輕鬆占領了江州各地。途中右將軍何無忌英勇抵抗，然而由於戰船不及盧循的高大，又恰巧遇上西風，何無忌的戰船被敵軍順風撞翻，死傷慘重，何無忌英勇殉國。最後是左將軍劉毅，貪功冒進，大意輕敵，導致兵敗洛桑洲。晉國的軍隊在此次抵抗中，輸得一敗塗地。

    盧循的軍隊，舳艫千，遮天蔽日；甲士十萬，嚴整有威；戰鼓齊鳴，撼天動地；順江而下，劍指都城。

    而此時的晉國，左右將軍損兵折將，荊州失聯，劉裕的軍隊在南燕之戰中傷亡慘重。可憐的建康城，此時兵力極度空虛。

    劉裕領著眾將站在石頭城上觀望，如果盧循直接從新亭挺進，那就代表他們準備和自己決一死戰，那他和眾將隻能破釜沉舟，拚死一戰了。但是從敵我懸殊的情況看，即便他們全都浴血奮戰，頑強抵抗，恐怕也不能力挽狂瀾，阻止他們的進攻。

    劉裕和眾將們，心都提到了嗓子眼，緊張地看著盧循的行進路線。敵軍越來越近，越來越近，最後，繞過了西岸，向新亭而來。

    晉軍們瞳孔放大，驚駭異常。劉義隆閉上了雙眼，按緊了配劍，心想著:“沒辦法了，隻能拚死一搏了。就算戰死沙場，也不枉轟轟烈烈一場了。”

    就在晉軍準備決一死戰之時，盧循的船隊卻忽然掉頭。回到西岸的蔡洲上去安營紮寨。晉軍見了，驚得眼珠子都要掉下來了，這到底唱的是哪一出啊。

    盧循之所以改變行進路線，是因為他們的內部出現了分歧。徐道覆堅持要挺進新亭，和晉軍決一死戰，而盧循卻覺得不必如此激進，隻需要安營靜等，晉軍內部一定會出現兵變並導致自相殘殺，到時再殺他個措手不及，就可以輕鬆地攻占建康城了。其實盧循解釋了那多，歸根結底還是因為他怕了劉裕，他不清楚劉裕的虛實，不敢和他硬拚，徐道覆對盧循白白錯失良機，嗟歎不已。

    劉裕見盧循改變方向，又看向還在愣神的年輕將領們，趕緊狠踹一腳劉義隆，罵道:“發什愣，還不快去修繕石頭城。”劉義隆被父親提醒，才從驚愕中醒轉過來，然後領著士卒，去完善工事。而其他的將領，也紛紛去各自忙碌。

    劉裕見盧循認了慫，樂得悶聲發大財。修繕石頭城，在秦淮河岸修建木柵欄，在幾個重要的堡壘布置軍力。然後上書安帝，請求大赦天下，重金懸賞，招募士兵，補充軍源。

    雙方就這樣默然地對峙了一個月，盧循錯失了天賜良機。而劉裕一方，傷兵逐漸康複，新兵訓練有素，防務工事完善妥當。雖然仍然不及盧循的人多，但足以應對盧循的進攻了。

    一個月後，盧循仍然沒有等來晉國內部的動亂，他也開始發慌了，後悔起初沒有聽從徐道覆的建議。但後悔也無用，隻能開展進攻了。