崇禎元年，崇禎皇帝在朝中大臣的建議下，重新啟用袁崇煥。任命他為兵部尚書兼任右副都禦史。

    督師薊遼，對抗後金。同時還兼督登萊、天津軍務，全盤接收對後金的戰鬥。

    崇禎元年，他上疏，陳述兵事。崇禎皇帝於平台召見他，他聲稱可以五年複遼，崇禎皇帝對此大加讚，並重賞了他。

    有的大臣有疑問，如給事中許譽卿，問他複遼的策略。他說隻是安慰皇上，還是要慢慢圖之。

    許譽卿反問，“皇上英明，怎可以隨便應對。他日按照期限追求成效，你該怎辦？”

    他這時也反應過來，不該如此托大。失言了，他就努力找補回來，“五年複遼是不容易，皇上既然信任我，對於臣子，又怎能推脫。

    五年內，戶部軍餉，工部器械，吏部用人，兵部調兵選將，複遼必須內外配合，才能成功。”

    崇禎皇帝明白，這是對的，讓四部按照他的話辦。他擔心往邊關後，朝廷有人再次誹謗，將擔心告訴崇禎皇帝。

    崇禎皇帝在聽取了大學士劉鴻訓等人的建議，收回王之臣、滿桂的尚方寶劍，將尚方寶劍賜給他。

    此前熊廷弼、孫承宗因受到排擠陷害，難以舒展。

    他又上書說了一大通道理。其中：“恢複遼地，不外乎以遼人守遼土，以遼土養遼人，防守是正規的策略，攻戰是變通的策略，和議是輔助策略的說法。

    皇上用人不能三心二意，駕馭邊防大員與朝廷內不同。軍中應當談論成敗的大局，不必摘取一言一行的過失。

    陛下愛護臣了解臣，臣心中有所危懼，不敢不告訴。”

    崇禎皇帝為了表示信任，發優詔答覆他，並賞賜蟒袍玉帶、銀幣。但他為表忠心，上疏推辭，不接受蟒袍玉帶。

    崇禎二年，駐守寧遠的士兵因為軍餉不足而嘩變，他用計將其平定。

    他請求將寧遠、錦州合為一鎮，讓祖大壽鎮守錦州，何可剛替代朱梅駐寧遠，趙率教守關門，他自駐寧遠。

    他還上書給崇禎皇帝，大力稱讚祖大壽等將領，說五年複遼全靠這三人來實現。

    如果五年後複遼沒有實現，他將親手將這三人斬殺，他到朝廷領罪服死。

    崇禎皇帝看了他的上述，大加讚賞。加封他為太子太保，並賜給蟒衣銀幣。

    崇禎二年，他認為，東江毛文龍能牽製後金軍，但耗費錢糧巨大。他就上書讓朝廷來管理毛文龍部，毛文龍不喜，也上書爭辯。

    為了解決矛盾，毛文龍拜謁他，他以上賓之禮接待毛文龍。在對話中，話不投機，他決定除掉毛文龍。

    到了五月，他以閱兵為由去見毛文龍，他設宴招待袁崇煥，倆人常常喝到半夜，他沒有覺察到危險來了。

    酒後，他邀請毛文龍觀看將士射箭，在山上設置好帳篷，令參將謝尚政等埋伏。

    毛文龍抵達後，他問毛文龍隨從官員情況，得知大多都是姓毛的。毛文龍還大手一揮，“這些都是我的孫子。”

    他笑著說：“你們在海外長久勞累，糧食不足，很辛苦，受我一拜，請為國家盡力。”眾人都叩頭回拜。