天命三年（明萬曆四十六年），努爾哈赤下定決心要對明朝發動進攻，但是具體怎樣行動，卻議而未決。

    皇太極獻上一計，他提出先打撫順，“撫順是我出入之處，必先取之”。

    並建議利用明朝守城遊擊李永芳要在四月八日至二十五日大開馬市的機會，派遣五十人扮作馬商，分成五夥，入城為市，繼之由他親自帶領五千士兵夜行至城下，應外合，兩麵夾攻。

    努爾哈赤欣然接受他的建議。四月十三日以“七大恨”誓師征明，結果大獲勝利。撫順之戰是後金與明朝的第一次大戰，對後金以後的發展影響深遠，皇太極的獻計獻策及親臨戰陣，對後金的勝利有決定性的作用。

    撫順兵敗城陷的消息傳到明都，舉朝震駭，多年不理朝政的明神宗驚呼：“遼左覆軍隕將，建州勢焰益張，邊事十分危急”。

    為了置後金於死地，明朝於天命四年（明萬曆四十七年）聯合女真葉赫部及朝鮮王朝，向後金進攻，薩爾滸大戰爆發。

    大貝勒代善命皇太極率領右翼正白、鑲黃、鑲白、鑲紅四旗去攻打吉林崖的西路杜鬆軍，自領左翼正黃、正紅、正藍、鑲藍四旗去監視和阻擊薩爾滸（今遼寧撫順大夥房水庫東側）的明軍。

    此時努爾哈赤來到前線，觀看了明軍的陣勢，改變代善的作戰部署。他親自率領正黃、鑲黃、正紅、正藍、鑲藍五旗先去攻打薩爾滸的明軍，命皇太極等帶領正白、鑲白、鑲紅三旗去監視和阻擊吉林崖的杜鬆。

    當努爾哈赤消滅薩爾滸的明軍後，回軍與皇太極部會合，向吉林崖的明軍發動猛烈進攻。

    皇太極身先士卒，衝殺在前，明軍大敗，主將杜鬆戰死，參將龔念遂帶領部分殘兵敗將逃往斡琿鄂模，後金兵首戰告捷。

    皇太極隨努爾哈赤乘勝北上，迎擊總兵馬林統率的北路明軍。三月初二日清晨，皇太極率領1000人馬攻打斡琿鄂模的龔念遂部。他先率騎兵突入，然後用步兵摧毀戰車，明兵大敗，龔念遂等皆歿於陣中。

    接著，皇太極率部投入攻打馬林所駐紮的尚間崖的戰鬥，明軍潰敗，馬林僅以身免，逃回開原。

    此外，還有劉綎的東路軍和李如柏的南路軍尚未解決。

    三月初四日黎明，努爾哈赤回到赫圖阿拉，立刻召諸貝勒大臣共商出擊劉綎軍之策，命代善、皇太極等率領八旗大軍去東線迎敵，自己留4000人馬守赫圖阿拉，隨止李如柏的南路明軍。