在四代火影犧牲後，木葉高層與一眾上人一起討論著選擇合適的火影繼承人，在奈良鹿久提出由水門的後一代忍者繼位。但轉寢小春認為他們的經驗還不足以領導眾人，這時的誌村團藏想毛遂自薦。結果袁飛日斬挺身而出，自願擔此重任，隨後得到了水戶門炎轉寢小春等眾人的支持，團藏不滿，而袁飛日斬表示在培養出第五代之前，自己隻是過渡而已。

    心生不滿的團藏，而後找上卡卡西。他將水門和玖辛奈的犧牲都歸罪於三代，而且一直倡導和平主義的三代，也是導致帶土和林犧牲的罪魁禍首，被團藏的一番蠱惑之後，卡卡西對三代也是心生懷疑和憎恨，於是卡卡西開始叛變，他為團藏帶去了保護三代去大名府任務的計劃書和情報。

    在登的總部，卡卡西突然遭到一個會木盾的根成員襲擊。木遁大樹林之術卡卡西也是出來切準備出擊藏出現及時叫停，收到情報後的團藏欣喜不已，終於有機會可以解決到300對根組織中會使用木盾的忍者，讓卡卡西非常在意。

    於是他決定潛入木葉資料庫中去調查關於木盾的資料，而木葉曆史以來會木盾的就隻有初代火影，千手出金而已，這時三代突然出現，他將關於木盾的資料拿出來讓卡卡西查看，並告訴卡卡西物業曾經為了複活木盾之術。

    願成為試驗品的忍者進行鑄件細胞的植入最終卻全部以失敗告終最後這項實驗也被作為技術被封印然而在近些年不斷出現忍者失蹤更可怕的這失蹤更可怕的是在周邊村子還頻繁發生嬰兒的失蹤案，有人還在用嬰兒進行細胞的實驗，三代還表示如果木有木遁忍者的話，四代可能就不需要犧牲了，想跟組織的忍者，這也突然讓卡卡西幡然醒悟。

    這邊團藏準備安排跟成員被前往大名府的三代進行刺殺行動，出發途中跟成員已經提前埋伏，接著按部兩班人馬開始進行對戰，這邊路盾忍者出現在三代麵前，他使出木遁之術，四穿三代的身體，結果隻是替身術，而這個三代也是卡卡西所變故，盾忍者接著出招，卡卡西也使出了一些千鳥配合寫輪眼的能力，穿對方的招式破解木遁之術將其擊倒，而卡卡西也準備放掉木忍者。並表示在日後物業會用到他的目的能力，在火影辦公室還藏以為計劃成功，開始坐上火影的位置，享受其中的喜悅。

    固然三代出現，他表示還好，有人幡然醒悟自己才保住了性命。除了性命，刺殺火影可是死罪，但三代火影出於大局考慮，打算赦免了這次的刺殺主謀，並希望這個主謀在日後能為木葉盡心盡力。事後卡卡西在與三代的談話中得知水門在生前為了解除卡卡西的心結，還安排他去了暗部，但是得其反水門十分後悔，而三代則建議讓卡卡西去做玖辛奈的護衛工作。

    去希望見證生命的誕生，或許能讓卡卡西撫平傷痛，而水門犧牲後三代本想讓卡卡西脫離暗部。但三代目前還需要卡卡西的協助，解開心扉後的卡卡西也決定繼續作為暗部來輔佐三代。