第一條主線圍繞著水族與陸地妖族的故事展開。於水族修道者修行至關重要的化龍池幹枯，便有想修為更進一步的水族尋道教聖地三清山的丹藥突破。龍九（龍鯉）因身負龍族血脈求丹途中被盤山洞萬蛇老祖所擒欲吞其血肉，被困時得玄麟解救，同時表兄敖澤前往營救。由此引出了敖澤（黃龍），玄麟（玄蛇），映修（古丹井井仙）等人的生死情仇。
第二條主線圍繞著三清山在宗門地界與妖族對抗的同時，試圖抵禦卷土重來、意圖借著因雲坤真人曆劫致使風雷塔倒塌產生的空間裂縫入侵奴役所有人類的天魔的威脅。三清山一線的故事主要出自雲坤真人的弟子景瞻的視點。
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