藏傳佛教起源於一萬八千多年前的古象雄王朝，幸饒彌沃如來佛祖創立了雍仲本教，這是藏傳佛教一切派係的本源，也被稱為苯教。苯教曾經一度成為整個吐魯番唯一的信仰和教派，奈何後來在宗派和政治之爭中不幸敗落，淪為了犧牲品，被批為了邪教。大量教徒被殘殺，最後無奈隻得改宗，不願意改宗的僧人全都流亡天涯，逃到了阿、安多和康遠等偏遠地區，繼續傳播信仰著他們的宗教。法難過後，苯教徹底從西藏地區被清除了出去，但總歸是西藏的本土宗教，不論從哪個方麵都對當地民族形成了深入骨髓的影響。後來，留存下的藏傳佛教漸漸分離出了五大派係。分別是噶當派、寧瑪派、噶舉派、薩迦派和格魯派。

    寧瑪派分屬舊派，被稱作紅教，皆因該派僧人頭戴紅色僧帽而得名，遵循著前弘期所傳之密宗。除了心意傳承、表征傳承、口耳傳承外，還有“庫藏”傳承。蓮師已成就的弟子，發願轉世為取庫藏大師，適時取出預藏的教法，以利樂眾生。如今寧瑪派的宗教勢力僅居於格魯派之後，信徒眾多。

    噶舉派屬於新譯密咒派，由瑪爾巴譯師和穹布朗覺巴開創。注重密法的修習，而修習密法又必須通過師徒口耳相傳的途徑。因為噶舉派僧人的僧裙中加有白色條紋，又俗稱為“白教”。噶舉派奉月稱派中觀見，重視“大印”傳承，不重文字，重在論理，即通達“大印”的智慧。如今宗教勢力排在第三。

    薩迦派的教主由款氏家族世代相傳，有血統、法流兩支傳承。該派僧人戴紅色、蓮花狀僧冠，穿著紅色袈裟。因在寺院圍牆塗有象征文殊、觀音和金剛手菩薩的紅、白、黑三色花紋，故又稱花教。派係僧人不禁娶妻，不過有規定在生子之後，就不能再接近女人。該派特別推重“道果”教授，在教義中最重要的是“道果法”。如今薩迦派的宗教勢力和信徒，主要分布在西藏自治區內。

    噶當派以顯宗的修習為主，但也不排斥密宗，它對修習次第的主張是先學顯宗，後學密宗，強調密宗隻能傳授給經過考驗的少數人。所傳的密法，以屬於四部怛特羅中的第三部即瑜伽部的《真實攝經》為主。噶當派起源及早又規範係統，對別的教派影響深遠，但可惜的是，因為內部分裂，噶當派如今已經隱失在了曆史之中，殘留的傳人徹底隱世不出。

    格魯派在眾多教派中最晚出現，卻是目前影響最大的一派。該派強調嚴守戒律，因派中僧人頭戴黃色僧帽，故又被稱為黃教。格魯派由宗喀巴大師所創，而這位大師，本是噶當派的僧人，所以該派又被稱為‘新噶當派’。噶當派因為種種原因消失之後，格魯派占據了原屬於噶當派的寺院，憑借自身種種優勢，漸漸發展壯大。該派奉行轉世製度，有完善的四大活佛轉世體係。章嘉呼圖克圖和哲布尊丹巴呼圖克圖分別影響著內蒙古和外蒙古，雖然有著千絲萬縷關係，但在西藏這塊土地上，影響最大的還是達賴喇嘛和班禪額爾德尼。