《柯南，好想永遠和你在一起，可是我們沒有機會了吧》·一

    第一部分：江戶川文代二度現身

    江戶川文代又一次來到毛利偵探所，要帶柯南去遊樂園。柯南以為她又是美希子所扮，便不加懷疑的跟上了文代的車。但在車上柯南卻被江戶川文代用控製。原來她是黑衣組織的人，柯南的身份已經被組織完全發現了！

    柯南在慌張中還是利用射中了偽裝成文代的敵人，在車子衝下大橋前逃脫，往阿笠博士家奔去。

    與此同時g從學校綁架了少年偵探團，並威脅哀交出她研究ap4869解毒藥的數據資料。哀為了救大家把資料給了組織，並被g押上了車。

    而g在開走前卻暗中告訴vdka在他離開之後就殺死少年偵探團的三人。

    在vdka要槍殺少年偵探團時，柯南終於找到了那救了大家，但vdka還是逃走了。並組織在等著工藤新一。

    第二部份：沉睡的五郎－覺醒！

    柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落。柯南留下了一張寫明一切的磁盤讓博士轉交給蘭，決定自己去麵對黑色組織。

    但磁盤被闖入博士家的英語老師judy拿走了，原來她是黑衣組織上層安排在fbi的特工。阿笠博士用自己的新發明彈射坐椅欺騙了judy，逃過一死來到了毛利家。當阿笠博士正想告訴五郎和蘭現在的狀況時，卻發現坐在偵探所客廳的毛利呈現出沉睡的五郎的姿勢！而毛利麵前的筆記本上寫著“工藤新一”“柯南”“黑衣組織”等等。

    原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是為了調查出柯南的真實身份和整個事件。毛利在沉睡般的深思中展現出他真正的實力，通過柯南留下的磁盤資料推理出了黑衣組織的所在。

    與此同時，fbi特工赤井秀一來到同事judy家，意外的發現了的柯南的磁盤。他偷偷的把磁盤取回了家。秀一解開密碼後閱讀了柯南的自述以及對整個事件的推理。他對同事judy的身份開始懷疑，但卻突然被人從後麵擊昏。

    而這時在米花町，放學回家的蘭在門口意外的聽見了五郎和阿笠博士的對話，終於確定了柯南就是新一！蘭在淚水中決意要以性命為賭注，為救回新一與黑衣組織絕一死戰！

    第三部份：家的意外訪客

    赤井秀一被judy帶回了組織。gi

    威脅秀一加入組織，最後的考慮時間為時。

    因為有了哀的數據和配合。兩時之後，組織的藥物數據計算終於就可以完成。也就是傳中的“同時成為上帝和魔鬼。讓時間倒轉，死人複活”藥物的完成。