明亡後，南京再也沒有太平過。當清軍南下路過南京時，南京成了地獄。可由於清朝統治者為了收攬人心，對孝陵恭敬有加，不但不破壞，反而很虔誠地頂禮膜拜。清朝晚期，太平國在南京建立，清朝統治者為了剿殺這一政權，在南京建立了江南江北大營，戰火紛飛，在炮火聲中，明孝陵的地麵建築銷毀殆盡。

    但孝陵的地下建築依舊完好無損，按常理來講，每當亂世，皇帝陵墓總會被造反軍光顧。可太平國的領袖洪秀全為什沒有挖孝陵呢？

    他不但沒有挖，反而對孝陵保護倍至。他曾在孝陵前，做了一次深刻的懺悔。全文如下：不肖子孫洪秀全，率領皇漢國百官謹祭於吾皇之靈曰：“昔以漢族不幸，皇綱覆墜，亂臣賊子皆引虎、引狼以危中國，遂使大地陸沈，中原板蕩。朝堂之地，行省之間，非複吾有，異族因得以盤據，靈秀之胄，雜以腥膻，種族淪亡，二百年矣。秀全自惟涼薄，不及早除異類，慰我先靈。今藉吾皇在之靈，默為護，君臣用命，百姓歸心，東南各省，次第收複。謹依吾皇遺烈，定鼎金陵。秀全不肖，以體吾皇之心，與下附托之重，東南既定，指日北征，驅除異族，還我神州。上慰吾皇在之靈，下解百姓倒懸之急，秀全等不敢不勉也。敢告。

    如果洪秀全沒有謊，或者是沒有抱著不可告人的目的的上麵那段話，那，我們有理由相信，他是以大明王朝遺民的身份祭拜開國皇帝朱元璋的。他告訴世人，自己反清的目的不是想享福，而是為了完成朱家後代沒有完成的事業，把滿族人趕出中原，“驅除異族，還我神州”。

    但是，這個人渣的確是不孝子孫，他起事前並沒有以“恢複明朝”為旗幟，而是搞了個怪異的“上帝教”。成事後又跑到朱元璋這獻殷勤，你若不認為他是混蛋，你都是混蛋。

    一百多年後，孫中山建立中華民國，他以“中華民國臨時大總統”的身份去拜見朱元璋時，心情是極為複雜的。當時，他先把總統位置被迫讓給袁世凱，以求得中華大統。在孝陵前，他道：中華民國元年二月十五日辛酉，臨時大總統孫文，謹昭告於大明太祖開行道肇基立極大聖至神仁文義武俊德成功高皇帝之靈曰：“嗚呼!國家外患，振古有聞。趙宋末造，代於蒙古，神州陸沈，幾及百年。我高皇帝應時崛起，廓清中土，日月重明，河山再造，光複大義，昭示來茲。不幸季世（“人”旁加“叔”）擾，國力疲敝，滿清乘間，入據中夏。嗟我邦人，諸父兄弟，迭起迭踣，至於二百六十有八年。嗚呼!時怨時恫，亦二百六十有八年也。歲在辛亥八月，武漢軍興，建立民國。義聲所播，下響應。越八十有七日，既光複十有七省，國民公議，立臨時政府於南京。文以薄德，被推為臨時大總統。瞻顧西北，未盡昭蘇，負疚在躬，尚無以對我高皇帝在之靈。邇者以全國軍人之同心，士大夫之正誼，卒使清室幡然悔悟，於本月十二日宣布退位。從此，中華民國完全統一，邦人諸友享自由之幸福，永永無已。實維我高皇帝光複大義，有以牖啟後人，成茲鴻業。文與全國同胞至於今日，始敢告無罪於我高皇帝。敬於文奉身引退之前，代表國民，貢其歡欣鼓舞之公意，惟我高皇帝實鑒臨之。敬告。

    洪秀全與孫中山都當過南京的主人。但洪秀全祭拜朱元璋的行為是完全可以理解的，他畢竟是封建社會秩序的忠誠維護者，漢人意識很濃，從他自稱“不孝子孫”的話就能看出來。而孫中山，作為中國民主覺醒的先驅，仍要“告於大明太祖開行道肇基立極大聖至神仁文義武俊德成功高皇帝”，就讓人看不懂了。或許，這位無論多大聲叫喊自己反封建的人到了絕望之時，其骨子也會不自然地流露出自己的出身。他本來就出生在封建社會。