東晉後期，佛學東漸，依附於當時在士大夫中盛行的玄學，亦即“佛玄合流”。佛玄合流使佛教得以在東土立足，並開始擺脫玄學，以“因果報應說”、“彼岸說”等教義吸引信徒，大有取道教而代之之勢，引起了天庭的恐慌。

    為了對抗佛學的傳播，原本高高在上的天庭亦開始留心下界信仰，讓一些得道的三清弟子在人間廣收門徒，而其中最為世人所知的，乃是句曲山的茅山宗與逍遙山（亦即西山）的淨明宗。兩宗皆屬於上清一脈，奉元始天尊與太上老君為至尊。

    茅山宗的祖師神為茅盈、茅固、茅衷兄弟三人，又稱三茅真君。三茅真君本是生於漢初，得上元夫人《三元流珠經》而成地仙，上元夫人破出三界後，王母娘娘授茅盈《上霄隱書》，令其兄弟三人在句曲山周濟民間疾苦，傳播上清道法，時長日久後，吳中百姓感其恩德，改稱句曲山為茅山，稱山中道士為茅山道士。三茅真君由此創立茅山宗。

    淨明宗創始人本為諶母，諶母隨上元夫人離去時留下書信，令許遜接掌淨明宗，又讓吳猛、陳勳、周廣等其他弟子改拜許遜為師。不久後，許遜又前往豫章尋到少年盱烈，解說前事，並將盱烈收入門下，稱“靖盱真人”，補十二真君之位。許遜帶著十二弟子，遍行天下，濟世救人，並編寫《淨明忠孝全書》以教世人。又過百年，玉皇大帝降詔，封許遜為妙濟真君，任天庭禦史。許遜飛升後，其門下弟子繼續傳道，至唐朝時，洞真天師胡慧超撰真君傳記，向唐高宗、武則天、唐玄宗宣揚淨明教義，使淨明宗聲名大盛。

    南宋以來，因年代久遠，淨明宗漸漸不為人所知，已近失傳。直到元朝至元年間，玉真子劉玉遊玩西山，得遇洞真天師胡慧超，向其詳細解說淨明宗教義，並令其前往烏晶原尋訪仙人。劉玉按其吩咐，在烏晶原建玉真壇，果然等到仙人許遜降臨，向其麵授真言，並授予他《飛仙度人經》。

    劉玉得許遜降授道法後，遂“開闡大教，教誨後學”，改淨明宗為淨明道，奉許遜為祖師，使淨明教義再次發揚光大。