天啟七年，國內劇變，年僅十八歲的崇禎帝上台，遂開始大刀闊斧改革，草率的九邊換將給張飛以可趁之機，狼神聯盟遂奇襲九邊，得蘭州、寧夏衛等西北諸鎮，且兵鋒深入山西、北直隸數十縣，威脅京師，得好處無數，戰事綿延數月剛率兵歸北。

    崇禎元年，陝西大旱，胡應雄、孫世傑引領神農十三營、孟氏兄弟領獵戶十三營席卷關中，轉戰數省，引暴流民浪潮，同年肖天韌夫婦也在在伏牛山樹起起義大旗，中原大戰起，河南萬餘官兵征伐，肖以攻為守，戰事拖延數月，官兵所過之地生靈塗炭，中原大亂，等官兵開拔至秦嶺已成強弩之末，很快陷入困境被數萬義軍圍困三日全殲，至此秦嶺方圓數百十餘縣連成一片，秦嶺大營威振數省，受其影響南方諸省各分區活動漸趨活躍。

    崇禎二年，張飛率數百人南下澤州，沁河兩岸風雲起，依托太行大營根基，義軍閃電席晉東南，威脅太原，崇禎帝調集大軍南北的對攻，張飛坐鎮太行大營，先北守南攻，集中十餘萬義軍，一舉擊潰川陝軍七萬餘人，追擊之黃河岸，俘虜五萬大勝，晉南始休整，白展池率部守北線越戰越強，張飛布千壑龜林陣，誘敵深入，神農火器營大發神威，殺敵萬餘，北線戰局成膠著狀態，張飛改變主攻方向，依托太行山根基頻頻偷襲敵後，搶得糧食、軍需無數，數月後北軍人心惶惶，太行大軍實施心理攻勢，組織二十萬餘人義軍黎明發動波浪式進攻，北軍邊軍精銳崩潰，太行大軍窮追百，俘獲三萬餘人，晉南、晉東南遂定，山西僅剩太原、大同等孤城遂不敢南向，晉義軍開始休養生息。

    崇視三年，神農十三營、獵戶十三營攻漢中川東，連克數十縣，神農十三營並入中原戰區，6月孟氏兄弟率獵戶十三營反陝，所向披靡，兵至十餘萬，並在關中大敗明軍，8月川軍入陝，獵戶軍以退為進，老弱投降，主力則西退百奔襲破十餘縣，9月川軍殘暴殺降，獵戶軍回身再戰，大破川軍，俘數萬，並分兵戰各地，陝軍皆降，10月孟氏兄弟整軍進逼西安，崩塌城門，攻破堅城，完占陝省。

    崇禎三年，張飛率五萬太行大軍南下黃河至秦嶺大營，與秦嶺大軍、神農十三營會師，軍力大振，遂四出攻擊，河南、淮南大亂，崇禎帝緊急組成南北軍夾擊。

    張飛製定了運動戰方略，張西毒率一部牽著北軍轉戰四省數十縣八百餘，肖天韌則率一部引南軍北進，轉戰五省六十餘縣數千，曆時六個月，終擺脫追兵，兵鋒漸勝。

    張西毒、肖天韌的引蛇出動，為張飛的大動作創造了條件，贏得了時間，崇禎三年秋，阿金、趙小雲率神農、秦嶺、太行三部大軍四十萬突然南下，分數路殺入湖廣，與南方諸據點的支持下，勢如破竹，完占湖廣，並分兵攻入江西、福建、廣東、廣西，占大半江南。

    崇禎四年，明江西、兩廣告急，南直隸緊急抽兵三十餘萬明軍南下支援，南直隸空虛，轉戰江淮的肖天韌大軍匯合淮南義軍三十餘萬突然南下，橫渡長江，連克數十縣，兵圍南京，崇禎四年秋，南下支援的三十餘萬明軍竟在江西潰敗，南京苦撐月餘終在肖天韌大軍圍攻下城破，肖天韌入南京，與李天豪、陳廷玉等組閣，並分兵平亂整頓地方，江南初定，南省數萬大明死忠紛紛被抄沒家產投入勞動改造所，實現了南方的平穩過渡。崇禎四年，阿金大敗南直隸援軍，盡占江西、福建、兩廣之地並攻入貴州，次年入川，崇禎五年與漢中義軍南北對進，攻占四川全境。

    崇禎三年秋，張飛在長江北岸布防，頑強抵抗，艱難守住長江防線，明軍戰線過長攻勢漸弱，崇禎三年冬，休整多時的同濟十三營入河南，攻掠二十餘縣，懷慶府不戰而降，兵鋒隻抵黃河岸，近逼洛陽，明軍被迫北返。崇禎四年，山西戰局打破僵局，太行大軍連破太原、大同，與狼神聯盟連成一片。同年張飛率江防大軍北上，與同濟十三營圍攻洛陽、開封，月餘城破，黃河以南遂平進入休整，張飛始稱懷王。

    崇禎五年春，張飛率一萬近衛軍進攻北直隸，明京軍十五萬南下阻擊，雙方戰於保定府，近衛軍憑借勇猛、火器犀利、裝備優良，以一敵十，並聯絡眾多義軍，大敗京軍，俘獲八萬餘人。