卻交州梁龍、孔芝叛亂，朱受命平叛，與孫堅定下奇計，明修棧道，暗渡陳倉，先是分兵兩路，一路進逼交趾，一路進討南海。哪知朱、孫堅二人一路鼓聲大作，惟恐賊匪不知，直至朱進抵交趾，才安營紮寨，據守不出，任憑梁龍如何討戰，就是不出。

    朱隨後遣使者四處招撫，南海從事士燮料定孔芝難以成事，隨即歸降朝廷，與朱相約應外合，奪取番禺城，斷了孔芝歸路。朱本就與孫堅議定，由孫堅引孔芝出城，朱趁機率軍攻克番禺城，奪取賊軍糧草，以解去己方糧草之憂。朱聞報士燮歸降，真可謂是意外之喜，遂趁夜率精兵出交趾，襲取孔芝老巢番禺城，進而派兵征討南海郡各縣賊寇。

    而孔芝被孫堅殺得潰不成軍，一路逃至番禺城外，得知士燮歸降朝廷，與朱奪占番禺城，又恨又驚。一番辱罵，哪知士燮早奉朱之令，誅滅孔芝三族，將人頭拋到城下，孔芝頓時哭得稀嘩啦，傷心至極，差點昏厥過去。

    “士燮，我自征調你入南海郡就職，禮遇有加，從未有過怠慢之處，你為何如此狠毒無情，殺我三族？”孔芝抹去臉上淚痕，雙眼泛著血紅，抬首怒瞪城頭上的士燮，怨忿罵道：“你這忘恩負義之徒，今日你殺我三族，明日你士家子孫也不得好死。”

    “殺”

    正待孔芝咒罵之際，忽而番禺城外殺聲四起，孔芝四下一瞧，隻見一杆朱字大旗映入眼簾。士燮見朱兵馬已至，當即整點城中軍馬，出城夾攻賊軍。

    孔芝本就剩了不足千人，且士氣低迷，哪敵得過朱麾下精銳，不出片刻，賊軍紛紛跪地請降。孔芝領著十餘騎往西逃竄，欲前去投奔梁龍，奔行至數十的河汾穀，正遇迎頭而來的孫堅。

    “孔芝逆賊，朱刺史早料到你會前去投奔梁龍，某家孫堅在此等候多時，還不下馬受死”，孫堅喝令一聲，程普、韓當、祖茂、黃蓋四將齊齊殺出，將孔芝圍的水泄不通。

    不及片刻，孔芝這十餘人就死傷殆盡，孔芝更是被程普一矛打下馬來，被孫堅生擒，送至朱營中。

    番禺城外，七八千賊匪敗兵屯聚一處，惶惶不安，尤其是看著周邊官軍手中亮晃晃的兵刃，驚懼更甚。朱傲立城頭，冷冷瞥了眼城下衣衫襤褸的賊匪，直至孫堅趕到，一把擰起孔芝奔至城頭，甩手一扔，孔芝應聲倒在朱身前。

    “果不出將軍所料，孔芝欲逃奔梁龍處，已被末將生擒，請將軍發落”，孫堅拱手道。

    “哼！這等枉顧聖恩，不忠不義的狗賊，留之何用！”朱看也不看孔芝，冷然喝令道：“拖下去，斬首示眾，首級遣送洛陽，向子奏請功勞。”

    朱話音剛落，左右刀斧手緊隨而出，架起哀嚎怒罵的孔芝，來到城下，一刀削去頭顱，拾取首級，以木盒封存，送往洛陽。

    “刺史大人，如今城外七八千賊匪皆已知罪，誠心悔改，是否依照先前允諾，饒過其等性命”，士燮聞得城下哀求聲一片，怎能忍心，況且朱也曾許諾降者不殺，忙開口訴求道。

    朱依舊閉口不言，冷眼盯著城下降卒，一旁的孫堅不屑道：“我等此番平叛，將士多有傷亡，若是饒過其等，三軍將士必然心生不忿；況且城下降卒皆是反賊，助紂為虐，今日若是放過其等，助長下暴民反叛氣焰，則朝廷威信何在！”

    “文台之言，甚合我意”，朱忽而點頭笑道：“叛逆之徒，國法不容，人人得而誅之，況且斬草不除根，春風吹又生，今日放過其等性命，則暴民反賊之流，勢必以為朝廷軟弱，能戰則站，戰不過便降，保得性命，日後稍有不滿，就會反叛作亂，此風不可開，否則後患無窮。”

    “然而，刺史大人先前奪占番禺城，曾向城中軍士許諾免罪，若是此番違背諾言，屠戮降卒，隻怕有損刺史大人聲譽”，士燮咬牙再勸道。

    “士燮，你先前隨同孔芝叛逆，朱將軍尚未治你的罪，你卻一再包庇亂賊，究竟有何圖謀？”孫堅聽得士燮還在為降卒求情，頓時大怒，這些降卒的首級，可是將士們的軍功，哪能容得士燮得逞，當即惱喝一聲。

    “我等遠離家鄉，拚死剿賊，今日怎能憑你一言，就放過反賊”，祖茂怒瞪士燮，冷哼道。

    程普轉首望向士燮，沉聲問道：“士從事，今日放過城下降卒，日後其等再度為禍南海郡，朝廷問罪，不知該由何人擔責？”

    孫堅等一眾武將個個憤憤不平，麵帶怒色，不住責問士燮，早把士燮嚇得不敢再言，朱適時勸止道：“諸將不可胡言，士燮忍辱負重，獻城有功，理應重賞，至於從叛之，絕無此事，不可再言。”

    “遵令”，孫堅等人忙拱手應是，而士燮得朱解圍，這才鬆口氣，對孫堅是滿心怨恨，轉首朝著朱感激道：“多謝刺史大人明察，否則下官就要被誣陷以從叛之罪，冤死於他人之手。”

    孫堅聞言，又要發作，朱忙擺手打斷眾人，低首瞧著城下降卒，寒聲道：“這些降卒，本將雖許諾饒過其等，那不過是權宜之計，然其等皆是反賊，絕不能留與世上，我欲盡數斬首，築京觀於南海郡，威懾郡中群匪，你等以為如何？”

    “正所謂‘兵不厭詐’，這等叛逆之徒，將軍不必與其等講信義，殺之便是”，孫堅讚同一聲，其他諸將也紛紛附和，士燮也不敢再犯眾怒，惟有點頭稱是。

    “傳令下去，今夜將這八千賊匪，盡數誅滅，上奏朝廷，為我三軍將士請功”，朱將令一下，城外七八千降卒隨即人頭落地，堆砌如山，南海郡中大賊匪聞訊，或是逃竄他處，或是星夜投奔梁龍去了，由此，南海郡亂事平定。

    孔芝既已被誅滅，南海賊匪皆被平息，朱整軍三日，將那些從賊軍中繳獲的金銀財物、馬匹輜重，盡數賞賜與士卒，三軍將士得以群情高漲，軍心振奮。

    幾日後，朱留士燮安撫南海郡中百姓，親自移師直抵交趾邊界，調集交州七郡兵士，嚴令剿賊，一齊進逼，進攻梁龍，討滅餘黨。兵行數日，朱又征調交州各處大族豪強家中私兵，以增強兵力，有鬱林郡豪強甘冒、合浦郡豪強江濤、蒼梧郡大族張旻（字九公）等人紛紛聚兵相隨，其眾不下二萬餘人。

    時梁龍正屯兵於交趾邊界處，早有細作來報朱攻殺孔芝，乘勝引兵前來，梁龍方知中了朱之計，惱怒異常，隨即強征日南、九真、交趾各處賊眾，東拚西湊，匯集五萬賊匪，迎戰朱。