淺井輝政襲敗加藤清正後，一向以太閣後裔正朔自居的他隻能率領親兵去南線投奔島津忠，此時的島津忠失去了父親和叔叔的指導，已經變得專斷獨行，易怒多疑，尤其是慶長七年（1602年），太閣子嗣被壓製，孟昭德和德川家康的矛盾一觸即發，天下大勢正一步步落入孟昭德手中，九州偏安一隅，形勢岌岌可危，如此緊要關頭，島津忠提議，要增兵大阪城，防備孟昭德突然交惡，要擴展領土，在琉球等地建立後方基地，一旦九州遇敵，也可保一線生機，然而島津義弘不同意幹涉大阪城，和孟昭德直接對抗，另一族群島津義久則不同意遠渡重洋，征伐一向相安無事的琉球王，身為大名卻無法一展拳腳的島津忠惱火非常，最終親父和養父對自己的束縛導致島津氏內部矛盾大爆發，島津義弘和島津義久分別移居他處，伊集院和高氏兩大族群被滅族，島津忠掌握了政權，同時國家人才喪失五分三四。

    這樣的家督麵前，手握正朔血統的加藤清正遠沒有手握肥前兵三萬人的加藤清正來得親切，島津忠一麵派人聯絡府內城石井生劄，一麵囚禁了加藤清正，正式接管了九州軍的軍權，麵對幕府傾全國之力的征討，連續幾次的內部爭鬥徹底拖垮了九州軍的士氣，戰鬥力低下乃史上絕無僅有，如鋼鐵一般的薩摩軍被山岡岩八郎和大村鄉三郎平舟率領的雜牌軍一戰擊潰，後撤五，再被跟隨其後的幕府軍主力，淺井輝政騎兵，真田昌幸和藤堂高虎步兵驅趕，又撤五，轉眼間府內城孤聳無援，九州島被南北分割，各自為戰，到了12月下旬，圍攻府內城一月多尚不能攻克的幕府軍接到奏報，北麵築後國暫時安居的毛利氏投降，家督毛利輝元放棄一切軍隊和土地，解散毛利氏家臣團，換之得到的是孟昭德親筆回信，加封為武藏縣侯，領民部省大輔，入京居住。

    鏟除毛利氏後，孟昭德一麵命真田昌幸父子主持攻打府內城戰鬥，一麵命上杉景勝和安東隆盛率軍北上剿滅加藤氏殘餘，自己則率全部陸海軍南下，沿海進攻南方三藩，主旨要務必鏟除薩摩藩，消滅曆代中央政權的夢魘，九州第一能戰的島津氏家族。在這樣的重壓麵前，島津忠不得不低下高傲的頭，去求養父和親生父親，讓兩位老人家給自己出謀劃策，在這種情況下還不願意放棄兵權，兩位老人對此子真的心灰意冷，而且幕府傾盡全力上島，不惜一切代價的背後就是必須決出高下，因為如此強撐的弓弦一旦放鬆，肯定會崩斷的，拿不下九州，孟昭德的政權肯定會土崩瓦解，所以往日那種固守消耗，待敵自退是不成的，打了一輩子勝仗的島津氏二老也不願意去打這種必須拚到死，不符合自己風格的戰役，所以婉言謝絕了島津忠。

    失去二老的支持，島津忠一時間深深感到了恐懼，慌亂之下，他放棄了一切可固守的城池，竟然想學德川家康，把所有薩摩兵固定在薩摩藩，在兵不如德川家康多，將不如德川家康強，城不如德川家康大的情況下玩一模一樣的守城耗敵，聽聞此信後，孟昭德驚呆了，不說死去的，就是還活著的島津氏兩虎，哪一個也不該生出這樣的廢物來啊！想到此，孟昭德不免擔憂的看了看身邊的孟憲文，這個從不曾打過勝仗，從不曾和人紅過臉的兒子，不會也是個窩囊廢吧？如果他也不足以統製這些各地豪強，而手腕強硬的孟憲傑已經失去了繼承家督的資格，那孟氏幕府，我辛辛苦苦打下的江山該怎辦，孟昭德不由渾身上下一個寒顫，一種對未來的擔憂感覺襲上心頭，往日讀書，看到暴君殘殺大臣時，總是拍案痛斥，今日卻不免唏噓，也許有些事是不得不做，真正逼不得已！

    封鎖薩摩藩通往外界的一切通道後，孟昭德再次得到了準確的消息，島津忠和薩摩軍精銳九千人此時就聚集在新居城鶴丸城之內，並無伏兵和疑兵之相，孟昭德這才深信，島津忠就是一個廢物，或者說，最起碼和自己相比，是個較差的指揮官，於是孟昭德快馬通知真田昌幸，命他放棄圍城，將府內城丟掉，火速帶兵前來薩摩一帶會合，十日後，島津忠在得知府內城圍困被解的情況下，並沒有命石井生劄出海聯絡宇久氏水賊眾，或者偷襲四國島幕府軍儲備基地，而是一日三封信催促，命石井生劄和全部主力殺出重圍，自陸上進入薩摩，來鶴丸城和自己會合，這些動作都在孟昭德的意料之內，自己都放棄大片領土，迷信居城等待命運裁決的人，會操縱一支孤懸在外的部隊做什大事！還不是乖乖的拉回來，等著自己一鍋端！石井生劄這個征伐九州戰役中意外出彩的大將，可惜一無能主，二無獨裁之覺悟，隻此兩點，此人已經無法扭轉九州局勢，孟昭德現在要做的，就是在他抵達鶴丸城，領導鶴丸城重演府內城月餘無法攻下的奇跡之前，在路上截殺他即可！

    石井生劄率軍分為兩部，第一部一千人，在前方索敵，第二部自己率領，共七千將近八千人，是倉促間盡最大可能從府內城拉出來的，已經強弩之末，無法成戰，可惜明知前方有幕府軍最精銳的野戰兵團近衛軍在，為了不違抗命令，石井生劄也隻能前進，如此走了三天兩夜，兼程行軍，直到薩摩藩境外，快要渡河之際，以逸待勞的幕府軍阻住了他的去路，前軍一千人貿然開戰，已經被殲滅，橫屍河畔，看著眼前的慘狀，石井生劄心中歎息，手握刀柄，隻等一個體麵的機會就在陣前自裁。

    對方陣中，一員老將赤盔提槍騎馬而出，身邊數十武士護衛，一報姓名，竟然是幕府興慶王孟昭德本尊，石井生劄立刻敬重，然而心打定主意，無論他怎說，自己不會投降了，數月間連續背投，尤其是老主被殺竟然不為其報仇，石井生劄已經不想自己百年後，史書上的口誅筆伐更多一個理由，於是緊閉雙唇，一字不發，孟昭德和他照麵後，果然開口詢問是否投降，石井生劄堅定的搖了搖頭，孟昭德似乎並不意外，隻是在得到答案後，送給他一封書信，命他交給島津忠，並讓開道路，連他七千部下都不攔，難道要放他過去？

    石井生劄半信半疑，怕孟昭德擊自己渡河，偷襲背側，於是親自鎮守後陣，讓大軍從通道中分批，每次一千人渡河，最後全部安然抵達薩摩，孟昭德竟然沒出一兵一卒，石井生劄心生疑慮，和孟昭德拜別後，揮軍直奔鶴丸城而來，路上不放心，拆開孟昭德所寫書信細看，都是勸島津忠投降的，並無其他異樣，鬧個丈二和尚摸不著頭腦，無法隻能收好信件，抵達城下時，稟報島津忠知曉。

    島津忠早在城內得知石井生劄河畔遇敵，一人未損便被放行的消息，半信半疑的他不開城門，命石井生劄城下就地紮營，獨自入城來見，石井生劄身正不怕影子斜，大喇喇的命部隊駐防，自己率領親族三人入城，和島津忠見麵後，奉上書信，島津忠讀罷，勃然大怒，將書信撕得粉碎，起身叱道，“我薩摩軍以一當百，他一個老頭竟然視若無物，我鶴丸城背靠大海，連接琉球等國，助力源源不斷，就是城內也有一年糧草儲備，可他幕府軍，每日消耗物資，何在十萬上下，不出一個月，幕府財政便會吃緊，屆時再多人馬也隻能退去，他以為我年輕不懂，欺我詐我，要我主動投降，我卻要他來打，看看誰個高低上下！”石井生劄見狀無趣，隻能低頭無語，哪知島津忠罵過，突然矛頭一轉，對著石井生劄開炮道，“我這態度，你怕是看不下去了吧！失望嗎！孟昭德放你入境，不開戰端，就是想你給我送信，勸降我吧，現在沒有勸降了我，封不得國主了吧！”

    石井生劄哪料到島津忠會這想，一時間受了侮辱，難道不辭辛苦殺出重圍，趕來的結果就是被人懷疑！心生氣，嘴上說話也不好聽起來，“請問大人你何處此言！我之部下，浴血奮戰，數月不丟一城，得到你催促救兵之信後，又不惜一切代價，日夜兼程趕來救助，薩摩藩外，還躺著我一千個手足弟兄呢！現在來了這，你又不讓進城，隻讓我進來，我進來了，你又如此羞臊我，羞臊我說我投靠唐人，若我要降，早一月已經降了，何必今日！而且那孟昭德新建幕府，早就廢除了國主，城主等製度，要我封國主，誰來封我！你冤枉忠臣，好不講理！”島津忠被孟昭德書信小視，麵子上下不來，罵了石井生劄幾句，石井生劄又不肯服軟，更讓他惱火，見石井生劄和自己辯駁，自己又找不到合理的回擊，一時間胡攪蠻纏起來道，“好好好！這是有了孟昭德那個糟老頭撐腰，和我擺譜了，別忘了，是誰在你落魄的時候收留了你，你統製過萬兵馬，身居大將之職，或者和你那個造反主子一樣，身首異處，當初可都在我一念之間！你個忘恩負義的東西！”

    這些話說得石井生劄再也聽不下去了，他噌的站起身來，手握肋差道，“我也是堂堂武士！豈能受如此侮辱！石井生劄當初沒有和老主一同赴死，就是為了保護九州基業不落入唐人之手，今日大勢已去，我戰無可戰，就在你麵前自刎，以死追隨老主，還自己忠義！”島津忠怒而拍擊桌案，大喝道，“少嚇唬我，你和孟昭德早就串通一氣，他放你渡河，又讓你帶兵圍城，還送來勸降書，可惜我不上當，你要死便死，你真死了，我便信你忠義！”石井生劄聽罷再無生存念想，淚流滿麵，大嚎道，“可憐老主瞎了眼，錯投這個盟主，九州不複存在了！”說罷拔出肋差，對著腹部就捅進去，噗的一聲，再向橫著一拉，腸穿肚爛，栽倒在地，劇痛抽搐了幾下後，方才氣絕身亡。

    這一下嚇壞了島津忠，他才立刻沒了火氣，相信石井生劄真的沒有反叛，可惜已經來不及了，這位力敵幕府軍月餘占據上風的良將自殺身亡，九州軍最後一絲希望不複存在，島津忠懊惱的紅了眼，大罵身邊近侍，為何方才不開口勸阻，提醒自己，近侍們皆顫栗不敢回嘴，島津忠氣的抽刀劈死了一人，方才把刀扔到地上，傳令城中各位武將，傍晚議事，商量出海攻占琉球，退守海上諸島。

    這之後，島津忠就像泄了氣的皮球一樣，軟綿綿的坐到地上，看著屋的屍體，竟然呼呼的睡著了，出去通知各位大將開會時間的近侍們一個多時辰後方才返回，島津忠正睡得香呢，看著他的模樣，幾個近侍越想越氣，最後暗下決心，抄刀在手，對著島津忠的腦袋就砍了下去，可惜沒有批準，砍在了肩膀上，島津忠被劇痛驚醒，慌亂中看見幾個近侍猙獰的麵孔，嚇得起身要跑，幾個近侍都是武士之後，平日也操習過劍術，哪能被鮮血嚇到，見一刀不中，上來七手八腳的連補好幾刀，這才把島津忠爛泥一樣剁碎，堂堂九州聯軍總指揮，竟然就這樣死在身邊人手上！

    島津忠一死，鶴丸城內算是炸了鍋了，先是沒有一個能做主的，幾個近侍分頭去求平日關係好的大將，或者本家有血緣關係的武士，結果有的被砍了頭，有的被藏起來，得到消息的共有十幾個將領，一起來到天守閣，確認島津忠真死了，七嘴八舌的議論起來，有的要求投降，有的要求去請兩位老大人來執政，挽救局麵，可究竟應該請島津義久還是島津義弘，又分為兩派吵個不停，

    這些帶慣了兵的丘八哪個是知書達理的，由其九州民風彪悍，從來缺少風度，吵到最後，果然怒發衝冠，拔刀相向，十幾個將領在天守閣內自相殘殺，一直冷眼旁觀，沒加入陣營的幾個近侍見情況不妙，趕緊出去副丸求見隱居的島津義弘，島津義弘一聽還有這種事，隻好穿衣出門，喝退了派來監視他的島津忠嫡係兵馬，帶人直奔天守閣而來，一進大堂，十幾個將領已經各個帶傷，氣喘如牛，腳下島津忠的屍首則被踩爛，飛濺得到處都是，屏風上，台案上，榻榻米上，全是血跡，就連島津義弘這樣身經百戰的老將看了，也不禁一陣陣惡心。

    好在他尚未開口，十幾個將領已經扔下兵器，等候他的裁決，他這才淒涼的搖搖頭道，“你們幹的什事！竟然自相殘殺起來，如今局麵這般，我再統兵迎敵，你們也無法齊心了，老夫和兄長就這一個兒子，如今身死，就算九州不倒，幕府退兵，家督傳於何人？都還爭些什啊！早該想通，派人聯絡幕府軍，投降了！”說罷指派幾人出城，交待不提條件，準備全境投降，安排妥善後，孤零零的老頭長歎離去，沒想到好好家業，轉瞬間落得如此淒涼之下場。

    再說城外孟昭德，尾隨府內城守軍抵達鶴丸城外駐紮，早料到城內或者三五日，或者十餘日就要投降，卻沒想到來的如此快，接見幾個將領後，得知島津忠和石井生劄都死了，是島津義弘命令無條件投降，孟昭德不免唏噓，款待幾個將領後，命人修書安撫，並率軍開進，城下府內兵剛來，見城內有人出，孟昭德又跟進，糊糊塗不知所以然，直到看見島津義弘手書，和島津氏將領的口述，才知道已經投降了，孟昭德傳令不為難九州兵，大家這才放下兵刃，城內外近兩萬人馬做了俘虜，卻隻把石井生劄已死一件事隱瞞，怕鬧出兵變來。

    進城後，孟昭德親自去見島津義弘，兩位老人代表著此時日本最高水平的軍事素養，卻在這樣狼狽的情況下見了麵，島津義弘羞愧難當，和孟昭德應付著聊了幾句，就要謝罪下野，孟昭德點頭應允，傳令王京諸寺廟妥善安置，隻要島津義弘喜歡，哪處都可以，並且幕府撥給錢糧，按照國公待遇供奉，島津義弘也算得以善終，至於島津義久，聽聞九州全部領土被幕府接收，島津忠被部下殺害後，就閉門自盡了，孟昭德把他風光大葬，墳墓立於薩摩藩上，並重修島津氏祖墳。

    如此後，又休整了十日左右，眼見帶來的軍糧要耗盡，部下皆猜測，孟昭德肯定打算退軍了，且九州此時已經分派官吏出去，至於建軍，施政，拆城等工作，最少還要半年到一年時間才能完成，孟昭德總不能等在這，所以許多親信武將開始主動進言，希望孟昭德早定班師日期，其實早在落城當日，孟昭德就和阿倍秀明商議過，幕府軍不服水土，在九州作戰多月已經臨近極限，一旦大範圍的疾病爆發，隻怕隨軍醫師根本無法醫治，屆時九州豪族和不甘失敗的各勢力浪人揭竿而起，那幕府十萬大軍就有覆滅的危險，最好的法子還是抽調鎮守四國島和山陰山陽兩道軍隊留守，把主力部隊都撤走，可惜盤算了很久，孟昭德和阿倍秀明還是無法解決潛伏在外海，隨時準備偷襲自己的宇久水賊眾，留在島上可能爆發疾病，被叛軍攻擊，出島若一旦在海上被截殺，那留島的將士更有可能覆滅，兩相皆為難，所以才休整十日，沒有一道軍令傳達。

    又拖了一個月左右，直到1607年（慶長十一年）2月初，軍中真的開始出現熱病和傳染病來，孟昭德才傳令海軍淺井井賴聯絡九州漁民，布置橫渡海峽，將部隊分批轉往四國，從淡路班師，至於這一個月間，孟昭德除了著手拆散各地較大勢力的豪族外，也沒忘撒出忍者去尋找宇久純定和他的海賊眾之下落，可惜一無所獲，這樣疾病初現，軍糧告罄，實在不能坐以待斃，孟昭德才硬著頭皮班師，並且傳令真田昌幸，藤堂高虎，上杉景勝，阿倍秀明，安東隆盛分頭負責組建九州軍隊，加快速度，給他們優厚的薪俸，盡一切可能斷絕潛在的叛軍之兵源。

    2月21日，靠著從四國島起運的軍糧支撐，第五批部隊也已經渡海返回，此時島上還留有近衛軍一萬五千人保護孟昭德，各地軍隊不到兩萬，收編和改組的九州島虎神軍初見規模，孟昭德命有九州背景（曾代替阿倍秀明鎮守過九州）的安東隆盛暫時留此組建和整訓新軍，天草時秀之弟天草時人為肥後縣巡檢使（天草家回了九州了），安東隆元（安東隆盛之子）為薩摩縣巡檢使，安撫九州百姓，並撥給內廷學學生五人服侍天草時人處理日常政務，這才下達最後渡海命令，要和一萬五千近衛軍一同渡海班師！至於其餘的，比如山岡岩八郎自願追隨安東隆盛，在九州從軍等等，當時皆不是大事，提過不贅。