1942年4月1日，在叢林中與日軍周旋了2個多月的旁遮普15兵團第2營，部分從山口洋、坤甸等地逃離的荷蘭軍人，走出叢林向日軍繳械投降。

    這支1000多人的英荷聯軍部隊，原打算在叢林穿行至婆羅洲南部的桑皮特或龐卡蘭，那有荷蘭人修建的機場和部分駐軍。不過還沒等到這支英荷聯軍穿越叢林抵達桑皮特，婆羅洲南部就已被日軍占領，在逃離無望而又缺少醫藥和食物的情況下，他們不得不選擇投降。

    這支投降的英荷聯軍部隊隨後被關進了古晉的戰俘營，即峇都林堂集中營。這已經關押了原砂勞越政府的部分白人官員，再加上英荷聯軍俘虜，總人數達2000人左右。在以後三年多的戰俘營生活，白人俘虜們遭受了各種虐待，最後能活下來的隻有一半左右。

    東南亞地區目前還剩下唯一一支大規模抵抗力量，即菲律賓巴丹半島上的美菲聯軍。

    4月3日，圍困巴丹半島的日軍第14軍向巴丹半島上的美菲聯軍發起了全麵攻擊。

    激戰數個晝夜，4月9日，巴丹半島上的美菲聯軍正式向日本人投降，投降人數多達78，000多人。從1月7日第14軍圍困巴丹半島開始，到4月9日美菲聯軍投降，巴丹半島戰役剛好進行了3個月。

    美菲聯軍繳械後，日軍開始向美軍戰俘們索要財物，連士兵們嘴鑲的金牙也不放過。11日開始，日軍開始押送聯軍戰俘到呂宋島中部的塔拉克戰俘營，這段路程長約為62英（100公），曆史上稱這次行軍過程為“巴丹死亡行軍”。

    美菲聯軍投降前，食物幾乎消耗殆盡，日軍也沒料到投降的美菲聯軍會有如此之多，是他們預估數字的2倍還多，這多的俘虜給日軍的後勤造成了很大的麻煩。特別是糧食非常緊張，初期日軍還能給予戰俘們少許食物，根據幸存者回憶，剛開始時日軍僅給他們一團高爾夫球大小的米飯。到後來，缺糧的日軍暗中實行了“減丁”計劃，以應對糧食不足。行軍過程中，日軍害怕戰俘逃跑，隻準他們從路邊的水窪中飲水，經常有尋找飲水與食物者被日軍以刺刀捅死或開槍處決。

    有若幹僥幸者躲過日軍眼線而偷喝到幾口河水，也因河水已遭受到嚴重汙染（河中漂浮著屍體以及綠色泡沫），且氣溫達攝氏38度，最後引發嚴重的腹瀉，乃至嘔吐而死。

    日軍擔心戰俘死亡太多不好交待，在最後的一段路程追加設置了幾個食物供應點。

    整個巴丹半島行軍，因饑渴以及遭日軍刺死、槍殺者達15，000人之多。在美菲聯軍俘虜抵達塔拉克戰俘營後，日軍在營地內又開始對戰俘施行各種虐待，

    拷打折磨、強迫勞作，甚至刻意讓其挨餓，再加上戰俘營內流行瘧疾、登革熱和痢疾等各種疾病，在抵達塔拉克戰俘營後的兩個月內，又死去了約26，000名戰俘。

    巴丹半島的美菲聯軍投降後，南洋地區已經沒有成建製的抵抗部隊。

    婆羅洲。

    4月6日，川口支隊從北婆羅洲調往菲律賓的宿務地區，以應對美國人將在太平洋上發動的反攻，由日軍獨立混成第56旅團、獨立混成第71旅團駐守全婆羅洲，婆羅洲守備軍司令部駐古晉，前田利為中將擔任司令，馬奈木敬信少將為參謀長。（1944年，守備部隊編為日軍第37軍）

    日軍將在新加坡抓獲的石油工程師，以及之前從美拆往新加坡的石油鑽探、開采設備，重新運回美，並從日本本土運來400多石油工人，準備恢複美的石油生產。

    婆羅洲東部的打拉根油田、巴厘巴板油田也在恢複之中。

    曆史頑固地按照它的軌跡一步步地往前行進，6月20日，古晉方麵派千田倪次郎中佐率領一個日軍大隊，沿著拉讓江開往詩巫。

    詩巫地區部分華人懼怕日軍清洗、迫害，聽到消息後乘船逃往拉讓江上遊地區躲避，其中大部分都逃往了建康。

    原砂勞越第三區防禦司令休斯特，率550餘人的第三營士兵在詩巫的拉讓江下遊地區阻擊日軍，隻交火了20多分鍾便全體潰散，大部分士兵遁入了叢林。

    休斯特能將第三營維持至今不散，已屬不易，麵對比他多出一倍的日軍，有勇氣開戰，也彰顯了他對日軍的抵抗決心。潰散後的士兵他無法重新聚攏，隻好放棄了在詩巫繼續與日軍周旋的想法，決定率領第三營的白人軍官和部分追隨他的士兵逃往拉讓江上遊地區。

    建康籍的50名土著士兵在四連一排排長陳運濤少尉的率領下，逃至詩巫製藥基地碼頭，會合駐守在這的保安隊留守人員，一起乘坐2艘鐵船離開詩巫，前往建康。

    保安隊接替王黑五的留守副隊長杜倫，接到了“黃庭”發來的撤離電報，他們接上陳運濤等人便是完成了最後的任務。

    6月23日，日軍開進詩巫鎮，宣布戒嚴半個月。

    6月底，日本政府派駐於古晉的一支執政團隊，宣布重新劃定北婆羅洲的行政區劃。

    他們改古晉為“久鎮”，將布魯克王國和北婆羅洲公司的殖民政府省製區劃全部廢除，將砂勞越王國、文萊蘇丹國、北婆羅洲公司殖民地一並重新劃分，劃分為久鎮州、美州、誌布州三個大州，各州由日籍州長官治理，以前的區、鎮、村行政機構並未完全廢除，隻是將白人官員全部由新來的日籍官員替代，原先的基層土著官員和警

    察大部分被繼續留用。

    文萊蘇丹國被劃入了美州，文萊蘇丹得以保留，蘇丹能按期領取到薪水，並不參與政事管理，隻是作為文萊馬來族的一個精神領袖存在，文萊的馬來族官員大部分都在原來的位置上留任。

    北婆羅洲的馬來族絕大部分都接受了日本人的統治，當起了順民，其他的土著民族，因為反對日本人強製義務勞動、收繳槍支、征收食品等做法，經常與日本人發生衝突事件。