這日見過洋商與百姓之後，阮元便即上疏道光，將廣州火災實情一一言明，並建議道光減免商人賦稅，請求道光批準自己設立全新章程。道光看到阮元上奏，也很快批準了阮元的建議，兩月之後，粵海關便即正式告知所有廣州西洋商人，道光三年的賦稅一律免除。而廣州城西的重建工作，也有條不紊的開展了起來，直到這時，一些當日對阮元救火頗為不滿，甚至惡意中傷的英美商人，才逐漸改變了對阮元的態度。但即便如此，許多素來不滿清朝官府的東印度公司商人，依然對阮元抱有偏見。
不過，這時的阮元卻無力再去了解這些洋商所念，因為就在入冬之際，虎門之外的伶仃洋上，又發生了一件大事。
“程中丞，你且將那伶仃島之事再向我說明一遍，若是這件事果然為真，確有兩個島上百姓被槍擊而死，那英吉利公行那邊，我們也不得不去一趟了。”這時廣東巡撫程含章已經到任，正在兩廣督院與阮元商議一件要事，看阮元的神情，這件事似乎頗為難解。
“是，我們收到的供詞就是這樣的。”程含章也拿著南海縣事先錄下的百姓供狀向阮元道：“十一月二十一日時，有一艘名為‘塔巴沙’號的英吉利兵船駛抵伶仃島，船上水手下船去找當地百姓，說是想要買些水糧。不想他們下船之時，還帶了一隻山羊，就在他們交易水糧的時候，那隻山羊已經把當地百姓栽種的番薯吃掉了不少，而且，山羊啃食番薯之時又從土挖出了一壇當地村民藏在地下的黃酒，山羊無知，竟將酒壇踢翻。當地百姓黃奕通、黃奕明兄弟眼看山羊頑劣，便不願在交給水手水糧，而是想讓他們賠償番薯黃酒損失，就這樣跟英吉利水手起了爭執，雙方都叫了人過來相互毆擊，各有傷者。但二十二日早上，那些英吉利水手竟有又叫了幫手前來報複，而且這次他們帶了槍，互毆之際，那黃奕明中了一槍，當場身亡，黃奕明女婿池大河見狀，上前與英人搏鬥，也被擊中要害，聽聞昨日也已身亡。此外，當地村民和英吉利水手，都有不少受了傷。”
“如此說來，英吉利水手因言語不合，與我伶仃島百姓互毆，乃至向百姓開槍，致使二人身亡，這件事是確鑿無疑了。”阮元聽著程含章之語，清楚其中關鍵之處並無作假可能，便向程含章道：“程中丞，你現在就跟我去一趟英吉利公行，告知那邊理事之人，英吉利水手無故上岸購買水糧，本已違背大清法度，更何況尚有如此互毆之事，他們既然不遵法令，那我們也需要依法嚴辦了！”說罷，阮元便即命令袁三前去準備輿轎，不過片刻，阮元與程含章便即上轎，向英國商館方向而來。
到了英國商館，阮元也告知商館之人暫時設立屏風，自己則在會客室屏風之後接見英國理事，這時清朝舊製，乃是官員不能直接接見西洋行商，必須得十三行商人周轉，方才可以傳達官府政令。先前阮元因命案前往“埃米莉”號，有刑案審訊事由，十三行火災之日事出突然，不得不先行頒下諭令，這些都不算官員與商人直接交往，但這一次阮元所見乃是東印度公司的代表，是正式接見，便不得不依清製表示“回避”。很快，這時的東印度公司中國事務部主席阿姆斯頓便被請到了會客室，與阮元隔著屏風對坐。阮元也當即向阿姆斯頓言道：
“那邊英吉利大班，我這邊已經將伶仃島一事詳情，托行商譯成你等洋文，你應該已經觀看清楚。本部堂要說的是，我大清早有舊製，若是你等西洋商人不遵法度，自當受我大清國法嚴懲，如今你等兵船水手與大清百姓互鬥，致我百姓二人傷重而死，我自當依大清法度，暫時停止對你等的一切通商貿易之事！你且先去告知那艘兵船，讓他們交出犯事水手，若是不交，那通商之事，恕我們不能接受了。”所謂“大班”，即是當時清朝官員對英國商人代表的稱謂。
“總督大人，您可能是搞錯了吧？”阿姆斯頓聽著阮元斷絕貿易之語，一時也有些驚訝，不相信阮元竟敢作出這樣堅定的決斷，但他很快就冷靜下來，向阮元道：“我是東印度公司的商人，你所言犯事的‘塔巴沙’號，其實是我們國家皇家海軍的一艘戰艦，我記得船長也是上校。你讓我一個商人，去跟我們國家的上校交涉案件，還要上校交出凶手，這……你不是難為我嗎？”
其實阿姆斯頓所言，本也有推脫之意，東印度公司雖然名義上隻是公司，但其中很多成員其實都是英國軍官，甚至有不少就是英國貴族，並非完全獨立於英國官方的商業機構。不過在清朝體製之下，阮元卻也不需要過多思考這些問題，隻向阿姆斯頓道：“依國朝法度，你等西洋商人與大清百姓有了衝突，本部堂找的就是你們公行大班，至於你說兵船之事，那我且問你，這些兵船為何要來到伶仃洋上，這可是我大清的外洋啊？還不是因為你等當年向仁宗皇帝訴說海盜劫掠之苦，仁宗皇帝寬大為懷，才特許你等兵船在外洋護航嗎？既然如此，你等兵船在我大清看來，就是依附於你們商船的，他們出了問題，自然還是要找你公行負責了。這件事你也無須推脫，你盡快把我等之意告知那艘兵船，若是他們能夠交人，你這通商貿易之事，我一切恢複如故，但若是那邊不願交人，那我也不會客氣！”
阿姆斯頓聽著阮元之語，卻也不好當即辯駁，隻得先行前往伶仃洋上那艘“塔巴沙”號之上，向船長理查森傳達了阮元諭令。
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