對59例EGFR突變的晚期NSCLC患者的腫瘤活檢標本進行了檢測，這些患者以前在1G/2GTKI上經曆過PD。在38例(63%)患者中檢測到EGFRT790M。1G/2GTKI的中位TTP為10.3個月(範圍為1.3-75.8個月)，T790M?組和T790M+組分別為7.4月和13.6個月(HR，1.64;95%CI，0.95-2.83;P=0.07;補充圖S5)。在T790M+和T790M?組之間，之前接受治療的情況沒有差異，包括作為最後線治療的EGFRTKI(65.8%vs.61.9%，P=0.76)、以前使用過化療(76%vs.66%，P=0.75，檢驗)，或化療暴露的持續時間(平均215天vs.175天，P=0.75)。與以前的報告一致，顯微鏡下的組織學轉化是罕見的，一例鱗狀轉化(A450)和另一例混合腺癌小細胞組織學(A092)在基線和耐藥後都觀察到了。

    T790M+和T790M?疾病狀態的基因組圖譜

    我們首先評估了我們隊列中的體細胞基因組改變（除EGFRT790M外）與38例晚期EGFR突變非小細胞肺癌患者的治療初期隊列（WES數據）的患病率差異。TP53SNV改變在TKI耐藥人群（63%）中比治療初期人群（45%）更為普遍。此外，我們檢測到與治療初期腫瘤相比，治療耐藥腫瘤中TERT和編碼於14q22的三個基因（PTGDR、SAV1和SOS2）的基因組擴增率總體較低。接下來，通過比較T790M+和T790M?，我們試圖確定先前報道的並確定潛在的新的治療可處理耐藥機製?抗TKI的樣品。5例（8%）患者出現MET改變，主要發生在T790M?患者隊列。在一名患者（A056）中，檢測到導致MET外顯子14跳躍（METex14）的剪接位點缺失，外顯子14處的轉錄缺失通過RNAseq數據驗證。該患者還表現出染色體臂7p缺失（EGFR突變缺失）和12q擴增（包含MDM2和CDK4，通常用METex14擴增）。同樣，我們沒有在另一名T790M?患者中檢測到原發性外顯子19缺失/L858R突變（A058），表明失去激活EGFR突變是獲得性耐藥真正罕見的機製。PIK3CA突變（n=10，17%）和HER2擴增（n=4，7%）是常見的，但基於T790M狀態沒有差異（分別為P=0.69和P=0.54），盡管耐藥腫瘤中PIK3CA改變的頻率（17%）總體上高於晚期治療未經EGFR突變腫瘤的患者（5%，P=0.09）。在PIK3CA突變中，值得注意的是，大多數是克隆的（n=5/7），並且由ClinVar注釋為可能致病的（n=6/7）綜上所述，這表明PI3K信號在介導TKI抵抗中的作用獨立於T790M狀態。鑒於KEAP1和NFE2L2共突變在產生治療抵抗中的潛在作用。然而，我們沒有在隊列中檢測到任何NFE2L2突變，我們隻在T790M+腫瘤（A449）中檢測到一個KEAP1突變。

    TP53改變是在大約一半的EGFR突變的腫瘤中發現的早期克隆事件。與T790M+患者相比，T790M?患者TP53基因突變顯著豐富(86%vs.50%，P=0.01)，其中大部分(n=36/37，97%)為早期克隆事件(n=36/37，97%)，與T790M+患者相比差異有顯著性(P=0.01)。此外，MDM2和YEATS4擴增在T790M+患者中更為常見，且與TP53突變互斥(P=0.004)。這兩個基因位於同一染色體位置，負調控TP53。正如我們和其他人以前報道的，已知的癌症驅動基因突變的數量越多，多變量分析的Ttp越短(HR，1.41；95%CI，1.09-1.81；P=0.008；補充圖S8A)。特別是，並發的RB1/TP53改變(n=5)與T790M狀態無關的TTP密切相關，與最近的一份報告一致。

    拷貝數分析發現，WGD是常見的，與治療初期EGFR突變腫瘤中觀察到的比率(88%vs.89%)相當。然而，在7名(12%)沒有WGD的患者中，所有人都是T790M+(嵌入圖像測試，P=0.04)，並且有EGFR外顯子19的缺失，這表明WGD的缺失預示著T790M+耐藥疾病的出現。在T790M+和T790M?腫瘤之間，基因組不穩定指數(Gii；中位數分別為52%和55%)沒有差異，也沒

    有發現TP53共突變與Gii增加相關。T790M?患者的腫瘤突變負荷高於T790M+患者(TMB中位數為2.36vs.1.66個突變/Mb，P=0.02，圖1C；補充圖1C、S9A)，可能是由於T790M?隊列中的吸煙者數量較多

    接下來，我們檢查了T790M?患者3q23(包含PIK3CB、MRAS和FOXL2等基因)和T790M+患者14q21(包含FOXA1和NKX2-1)與T790M狀態揭示擴增相關的反複焦點擴增和缺失事件(補充圖S10)。值得注意的是，3QARM擴增在T790M?組(57%)高於T790M+組(13%)，並且是唯一有統計學意義的ARM水平事件(圖1E，EmbeddedImage-TESTP0.001)。我們證實了染色體3Q基因(包括SOX2)在3Q臂增加的患者中有較高的表達(補充圖S11C)。為了了解TKI治療後這些染色體水平改變可能獲得的程度，我們再次與治療前的隊列進行了比較。在治療-初始隊列中，38例中有7例(18%)出現了3Q增加(補充圖S3)腫瘤。這一結果明顯低於T790M?(P=0.003)，但與T790M+患者相似(P=0.53)，提示3Q擴增可能是T790M?腫瘤特異獲得的。有趣的是，染色體3Q含有鱗狀細胞係轉錄因子TP63和SOX2，是肺鱗狀細胞癌的主要特征，但以前與肺腺癌無關。

    接下來，我們研究了與EGFRTKI耐藥相關的突變過程。在肺腺癌中發現了公認的突變特征，即衰老、APOBEC、DNA雙鏈斷裂修複、吸煙和DNA錯配修複。與T790M?相比，EGFRT790M耐藥腫瘤對衰老信號的相對貢獻率更高，這與EGFRT790M點突變的三核酸背景下AG的最高概率核酸變化一致(補充圖3S12和S13)。相反，與T790M+腫瘤相比，非衰老特征(吸煙、載脂蛋白BEC和DNA修複)在T790M?中的比例顯著高於T790M+腫瘤，暗示了驅動T790M?抗性的另一種突變過程。總體而言，這表明T790M耐藥性可能不太可能出現在具有較大比例的活躍的非衰老突變特征(例如吸煙/APOBEC特征)的腫瘤中。