嘉慶本人碌碌無為，其遠不及他的祖上先輩，在他的在位期間，國內農民起義不斷。

    嘉慶元年，川楚陝邊境地區爆發了白蓮教起義，後波及川、楚、陝、豫、甘等省，曆時九載。白蓮教起義軍在曆時九年多的戰鬥中，占據或攻破州縣達二百零四個，抗擊了滿清政府從十六個省征調來的大批軍隊，殲滅了大量清軍，擊斃副將以下將弁四百餘名，提鎮等一、二品大員二十餘名，滿清政府耗費軍費二億兩，相當於四年的財政收入。這次起義使滿清元氣大傷，此後滿清的統治逐漸走向衰落。

    康熙中葉，滿清政府加劇對民眾的壓榨，迫使東南沿海廣大民眾下海謀生。

    乾隆五十九年至嘉慶十五年(17941810)，東南沿海爆發了蔡牽在福建、浙江、廣東沿海聚眾反抗滿清統治的武裝鬥爭。

    乾隆五十九年，福建同安人蔡牽率領福建泉州、漳州一帶沿海破產漁民及無業民眾，在海上劫商自救，後以閩浙沿海為基地抗清。嘉慶七年(1802)，率船隊攻廈門海口的大、小擔山，500餘眾登岸，奪炮13門。清廷命浙江水師提督李長庚赴閩造大艦30艘，鑄炮400餘門往攻。次年初，蔡牽在浙江普陀海麵遭李長庚襲擊，敗退福建海麵，僅餘船24艘，處境不利，遂向閩浙總督玉德詐降，又用厚金賄賂閩商更造巨艇，恢複作戰能力。九年夏，移屯台灣海麵，集大船80艘，突入福建海麵，擊殺溫州總兵胡振聲，焚其戰船26艘。清廷命李長庚率閩浙水師往攻，在浙江海麵擊敗蔡牽。十年冬，蔡牽欲取台灣建立據點，聚戰船百餘艘，先攻占台灣淡水、鳳山(今高雄)等地，得當地民眾支持，隊伍發展至2萬餘人。蔡牽被推為鎮海王，率眾包圍台灣府城。清廷急調廣州將軍賽衝阿為欽差大臣赴台督辦軍務，命李長庚率水師3000渡海入台鎮壓義軍。蔡牽沉舟鹿耳門港，阻滯清軍艦船。十一年初，李長庚分路圍堵鹿耳門及其附近港口，阻止義軍突圍。蔡牽趁海潮驟漲、沉舟漂起之際，奪航路突圍至閩、浙海麵。十二年底，在廣東黑水外洋迎戰李長庚及福建水師提督張見升，受挫後僅剩大船三艘、小船十餘艘。清軍乘勝追擊，並以火攻船掛住蔡牽座船後艄，蔡牽於船尾發炮，擊殺李長庚。張見升畏怯，遂退出戰鬥。蔡牽移師遠海休整。清廷命王得祿、邱良功分任福建、浙江提督，合兵圍攻。起義軍長期作戰，傷亡甚重，內部分裂。十四年八月，蔡牽與清軍閩浙水師連續交戰於浙江漁山外洋，遭清軍圍擊，寡不敵眾，發炮自裂座船，與妻小及部眾250餘人沉海。次年，餘部1300人降清。至此，蔡牽起義失敗。