日本《八幡愚童訓》記載：“六日至十三日，晝夜合戰不休”。

    元軍從高麗合浦出兵至今，已在船上連續生活一個多月。盛夏的酷暑和生存環境的惡劣使得元軍中開始蔓延傳染病，已有兩三千人病死。

    在今津方麵，企圖登陸的元軍也被駐防當地的薩摩、大隅等國的武士所阻止。

    這時，同江南軍的匯合期限將至，忻都等將領經過商議，決定撤回壹岐島該島是兩路大軍事先約定的會師地點。

    雖然元軍進展受阻，但是日軍戰敗的流言卻在日本內地流行開來。在京都，甚至傳言“九州已經滅亡，不久就會攻打京都”。

    東路大軍在壹岐島逗留一段時日之後，眼見與江南軍約定的會合期限已過，該島周圍卻仍然不見一隻帆影。

    忻都召集眾將，進行了數輪磋商，尋求對策。

    高麗籍大將洪荼丘認為形勢不容樂觀：“向約江南軍與東路軍六月望前會於壹岐。今南軍不及期，我軍先至，大戰者數矣，船腐糧盡，將其奈何?”

    此時，洪荼丘已生退意，隻不過沒有明說而已。但其他將領也拿不出好的主意，就連一向敢言的金方慶此時也不發一言。

    十幾天後，金方慶才說出了自己的明確意見：“我等奉旨備三月糧，今尚有一月之糧，不如先待江南軍到，再合而攻之，必可破此島夷”。

    金方慶的建議遂成決議。東路軍繼續固守壹岐島。

    江南軍本應在6月中旬前到達平戶島，與東路軍會師，卻遲遲不見蹤影。

    原來早在3月，就有日本船隻順風漂流至中國大陸，元朝方麵令其水工畫日本地圖，並詳細詢問日本沿海地利，得知在太宰府西部附近有個名為平戶的小島，周圍皆水，是一處天然的港口，且防備薄弱。

    元朝征東行省得知這個消息後，便臨時更改了作戰計劃，決定把東、南兩軍的會師地點改在平戶島。因為太宰府才是此次東征軍所要攻占的戰略要地，平戶島近水樓台，元軍可繞過對馬等島嶼，直接實施“越島作戰”。

    忽必烈對這個改動方案表示認可。於是江南軍方麵便派出了一支六十艘船的先遣隊赴日，意在向東路軍通報作戰方案變更之事。但是江南軍先遣船隊卻因航道生疏，沒有如期到達壹岐島。

    另外，事先安排元軍總指揮阿剌罕與江南軍同時出征，但阿剌罕卻因年紀老邁而突然病故，忽必烈不得不臨戰易帥，臨時任命阿塔海為兩路軍總指揮，以履行阿剌罕之職。阿塔海又不能立即達到寧波，於是範文虎在倉促之中於6月18日命令江南軍起錨離港。

    江南軍在遭遇多端變故的情形下，於公元1281年6月底到達日本。該軍之一部突破日軍防線，進入壹岐島。7月初，該軍主力十餘萬人到達預定陣地平戶島。

    7月上旬，固守在壹岐島的東路軍及江南軍之一部開始向平戶方向推進。南北兩軍終於完成匯合，能夠參與作戰的兵力共計十四萬。

    平戶島周圍海域布滿了遮天蔽日的元軍旗幟。經過幾日的整編，7月下旬，元軍派出小股部隊進行嚐試性登陸，並於27日占領肥前鷹島，將之作為前進基地。

    與此同時，日軍方麵也開始調整兵力，多路援軍馳援平戶島、鷹島。

    在這一次戰爭中，日軍的戰爭動員和組織能力都有所提高，他們憑借有利地形構築防禦工事，並且奮勇作戰，但是終究不能對元朝聯合部隊起到有效的阻擊作用。並且江南十萬大軍還沒有實質性參與到戰爭中來。眾所周知，登陸戰的關鍵在於搶灘，而非此後的陸戰，一旦十四萬大軍在博多登陸，日軍的抵抗力將被進一步削弱。

    7月30日，元軍原計劃於該天啟動全麵進攻。但十多萬元朝官兵都看到了這樣奇怪的一幕：海上山影浮波，大魚翻躍;並且能聞到濃濃的硫磺味。諸將領在商議之後撤銷渡海登陸命令。

    這是海上風暴來臨的征兆。

    麵對如此光怪陸離的景象，元軍將士陷入恐懼中，但由於蒙古籍統帥沒有成熟的航海經驗，也就沒有采取果斷措施應對，而江南軍中的原水軍士兵經曆的水上戰鬥大多都是發生在內河即長江一帶，元軍中也有通曉天文海相的將領，其中江南軍將領張禧在擔心之餘，果斷率部棄舟登陸進駐平戶島，並且命令所部船隻停泊距離要達到五十步之遙。

    元軍的悲劇就在這天夜發生了。夜半，颶風四起，暴雨狂飆，巨浪如山倒。這場颶風一直持續到第二天。

    部分元軍船隻頃刻間傾覆海底，其他船隻經過颶風顛簸，或者因為泊位過近，在巨浪中相互撞擊，或者因為本身就是內河船隻，抗風暴能力差，電閃雷鳴之中，數千船隻被巨型風浪撕開。溺死者不計其數，層層疊疊的屍體被海流帶至港口。

    範文虎，這位一直活動在長江流域的南宋降將，並無海上常識，他的船隻同樣被風暴撕毀，其本人僥幸抱得船板漂流海中，被部將張禧救起。