公元一五七二年，隆慶皇帝病死在乾清宮，十歲的太子朱翊鈞繼位，年號萬曆。萬曆年幼，朝廷的權利掌握在首輔張居正手，張居正推行新政，實行考成法，提高官員辦事效率，各負其責，層層監督，使每一件事都落到實處。萬曆六年，皇帝大婚，內庭花費巨大，與收支極不平衡，再加上東南水患，宮內去采購珠寶錦緞也隻能減半。萬曆九年，張居正丈量全國土地，推行一條鞭法，使賦役合一，減輕了老百姓的負擔，明朝的財政有了明顯的好轉。萬曆十年，張居正病逝，贈上柱國，諡“文忠”。才過四天，禦史雷士楨彈劾潘晟，說其量小材薄，不堪大用。萬曆命潘晟辭官，潘晟是張居正生前所薦，可見萬曆也不喜歡張居正。萬曆為何不喜歡張居正呢？隻因張居正性情機警深沉，對萬曆管束極嚴。有一次皇帝在文華殿讀論語“色勃如也”，誤讀作“色背如也”。張居正在旁邊厲聲說道：“當作勃字”。皇帝一聽心驚身顫，其他人也麵麵相覷，萬曆由是十分忌憚之。張居正更安排老師每天都要給萬曆講一段貞觀政要，讓萬曆以唐太宗為榜樣，張居正更是以魏征自詡！身居首輔，天下舍我其誰之誌，十年來推行新政，政績炳然，臉上常露自矜得意之色，做事亦有偏私之處，喜聽奉承的話，府邸稱“元輔”。那些被罷黜降級罰俸訓斥的官員豈不恨之入骨，張居正改革雖有利於國家大計，庸官惡吏卻被束縛，一直等待機會，要重振當官特權的本色，張居正去世之後，餘威尚在，言官奏事，還稱“先太師”，萬曆甚不悅。今禦史彈劾潘晟，不過是試試皇帝的心思而已。

    張居正去世之後，與張居正交情甚好的大太監馮保變成為言官彈劾的對象。言馮保執掌內宮，收受賄賂，任官全憑自己的喜惡，欺君誤國，與張居正結黨營私，把持朝廷。其他宦官早就對馮保不滿，乘機在皇帝麵前曆數馮保的惡行，萬曆把他貶去南京，對其抄家，馮保不堪打擊，自縊而死。

    萬曆十二年，禦史羊可弘追論張居正之罪，說其貪戀權利，為子不孝，父死奪情不奔喪，對皇帝厲聲訓斥，毫無人臣之禮。萬曆下召褫奪封誥、贈諡、抄沒家產。弟張居易，子張嗣修發配邊疆，長子張敬修自縊死，更有其他親屬和親信及被提拔的官員被罷黜。隻有張居正老母無依無靠，給與一定糧米，沒有開棺戮屍，以示皇帝寬大之意。伴君如伴虎，一代中興大臣得此結局，讓人唏噓不已，不但改革付之流水，萬曆更想不到以後這幫文官會讓他心力交瘁，鬥誌全無。

    萬曆十四年，萬曆寵妃鄭氏誕下一子，萬曆要晉封鄭氏為貴妃，此事遭到大臣普遍的反對。此事為何？原來萬曆的皇後無子，長子朱常洛是他與宮女王氏偶然所生的。在萬曆九年的某一天，萬曆往慈寧宮向皇太後請安。當時太後不在，宮女王氏端水讓萬曆洗手，萬曆見王氏膚白貌美，一時興起，寵幸了王氏，雲雨過後，萬曆卻感到此事很不光彩，穿衣束帶匆匆離開慈寧宮。

    幾個月後，王氏懷孕，身形變化被太後識破，細細盤問之後，原來是生懷龍種。太後原來也是宮女出生，想著做宮女時的心酸與苦楚，對王氏深表同情，自己年老也想抱孫子。過了幾天，太後請萬曆過來陪自己宴飲，問及此事，萬曆起先不承認，說如果有此事為何沒有信物憑據。太後命左右太監取《內起居注》來，太後一向對萬曆管束嚴厲，在實事麵前不得不承認，太後看著萬曆失魂落魄的樣子，好言相勸道：“我老了，還沒有孫，將來如誕下一男，豈不是祖宗社稷之福，今母憑子貴，應該給予名分”。萬曆乃孝順之人，後封王氏為恭妃，至大期，果誕下一男嬰，取名朱常洛。皇帝喜得首子，下詔減稅免刑，大赦天下。萬曆本看不起恭妃，所以連太子也一並嫌棄。

    萬曆嬪妃之中，鄭妃最受寵幸，鄭妃通曉詩書，聰明伶俐，對萬曆一片天真爛漫，所說所為全憑本心。其他嬪妃對萬曆畢恭畢敬，說話低頭彎腰始終有距離，讓萬曆心不得舒展。萬曆有心事隻得向鄭妃傾訴，鄭妃不但細心聆聽，還幫萬曆排憂解難，同是深宮之囚鳥，更是精神上的伴侶。進宮三年，就晉封為貴妃。萬曆十四年，鄭貴妃生下一子，取名朱常洵。萬曆與鄭貴妃萬分喜愛此子，兩人相約立朱常洵為太子，秘密將禦書封於玉匣內，盟神禱告於大高玄殿。母憑子貴，萬曆有意要封鄭氏為皇貴妃，再立朱常洵為太子，沒想到遭到大臣的堅決反對。

    冊封貴妃當天，戶部給事中薑應麟、吏部員外郎沈璟上言：“貴妃雖賢，但所生為次子，有先有後，而恭妃所生為元子，理應先晉封恭妃，再封貴妃”。萬曆扔諫書與地大怒道：“這些言官，無故揣摩聖意，疑朕有廢長立幼之私，祖宗之法，自有成憲，朕豈能惡意壞之”。貶薑應麟為大同典事，宋璟連將三級。刑部主事孫如法勸諫，俱被處罰，南北京數十人上疏解救，萬曆置之不理，心中十分憤怒，萬曆仍封鄭貴妃為皇貴妃。

    沒過多久，宮中流言玉匣盟誓之事，大學士申時行上疏：“國本係於皇太子，早建皇太子乃尊宗廟、重社稷之本，元子誕生已五年，正名分以破謠言，宣宗在宣德三年立英宗為皇太子，時年兩歲，孝宗以弘治五年立武宗為皇太子，當時還不到一周歲，今元子聰明睿智，年歲漸長，乞陛下降旨