萬曆下旨開采礦山，加收商業貿易及漁舶鹽業稅收，國庫雖有緩解，但朝廷派遣的稅監趁機和當地官員勾結，損公肥私，致使很多農民失業流浪，上京告官。陳奉在武昌，被當地商民追逐驅趕。陳奉去武昌府衙調集官兵，與商民激戰，陳鳳調兵殺死商民二十多多人，傷五十多人。商民也捉住陳奉左右八人，捆綁投入江中淹死，眾人紛紛圍住府衙，陳奉一個月不敢出門，最後陳奉自焚府衙，趁亂逃出。首輔沈一貫，斥責陳奉引發民變，貶武昌知府王禹聲、知縣周堯弼為民。

    鳳陽巡撫李三才，見下麵民情洶洶，上書萬曆請停礦減免稅收，言：“自陛下開礦以來，大量農民失業，陛下為萬民之主，如見農民穿不暖、吃不飽，上給予衣食。今不但不給予衣食，更奪其食、扒其衣。下麵征收索急之臣，今日又加銀、明日又加稅，上下相爭，唯利是圖。徐州、揚州、蘇州，本天下富庶之地，今千之遙，無一民船出行。試觀古籍，何時有如此政令？天下如此景象，豈有不趁機作亂之民？望陛下以江山千萬年計，廢除如此繁雜苛捐雜稅，使百姓安居樂業”。大臣見鄭三才，言辭激烈，隱瞞不報。

    各地正直的官員見朝廷。稅監與當地貪官相互勾結，禍害百姓，也紛紛上書。萬曆不知道是真是假，直到朝廷禦馬監暨祿也上疏：“臣奉旨征收廬州、鳳陽、徽州、安慶稅銀二十萬兩。各地巡撫、督府哭訴今年已交過多次，實在不能湊出所需數字。臣檢驗憑證，方知所言無誤，各地農民流離失所，苦不堪言，今所征收不滿萬金，臣寧願負陛下之恩，亦不敢取百姓一厘，況下麵征收，多有殺人，民怨沸騰，望陛下停止苛捐雜稅，封山還民，不治其他耿直大臣的罪，給百姓喘息之機，臣泣涕拜上”。萬曆見暨祿言辭懇切，下旨不許增加商貿漁業之稅，罷免采礦。

    先時，在取得播州平叛勝利之後，萬曆二十九年十月，首輔沈一貫上言：“陛下適時大婚。故得皇長子早。今皇長子成年及冠，必盛備其禮儀，不如趁機冊立皇長子，使天下大安，陛下孝奉聖母。不如早遂含飴弄孫之樂，如此子孫世代相傳。福祿享之萬世”。此時萬曆與文臣對峙精疲力盡，經常與李貴妃相擁而泣，二人到大高玄殿取出當初封緘於玉匣中的禦書，已被蟲子咬得字跡模糊，萬曆覺得一切都是天意。去慈寧宮征詢太後的意思，太後也認為應立嫡以長，萬曆遂決定冊立儲君。冬至節，萬曆冊立皇長子朱常洛為太子，朱常洵為福王、朱常浩為瑞王、朱常潤為惠王、朱常瀛為桂王，第二年，冊立皇太子妃郭氏。至此，冊立皇太子之事終於塵埃落定，這場激烈複雜爭儲事件，被降職、罷免、充軍、廷杖的中央官員就十多人，地方官員一百多人，牽涉其中的官員多達三百人。

    在被罷免的官員中，以顧憲成、顧允成兄弟二人最為顯名，他們回到無錫，得到當地士子官員的熱情擁戴，因二人才識廣博、為官清廉，遂成為當地學子的領袖。一日，與高攀龍、錢一本巡遊時，走到東林書院。見書院殘破不堪，隻有一副對聯依稀可見，左起：“風聲雨聲讀書聲聲聲入耳”，右落：“家事國事天下事事事關心”。想起古賢東林先生長期在這講學，孕育了大批儒林士子，成為天下讀書人的榜樣。顧憲成倡議效法古賢，要在此講學，得到大家的積極響應。當地知府、知縣及富商也紛紛解囊，重修東林書院。萬曆三十二年十月，顧憲成、顧允成、高攀龍、安希範、劉元珍、錢一本、薛敷教、葉茂才東林八君子，發起東林大會，他們倡導讀書、講學、愛國、親民的精神，製定《東林會約》，規定每年大會舉行兩次。小會一月一次。

    他們在講學的過程中，標榜氣節，崇尚實學，主張重視農業，重視工商業，減輕稅負，墾荒屯田，興修水利，議論如何改變政治腐敗，民不聊生的狀況。