明朝和朝鮮軍民聯手打拜了倭國的兩次侵略，但雙方付出的代價都非常大。明朝內部爭權奪利，為了立東宮之事君臣對峙，已經持續十來年，還沒有結果，西南播州楊應龍叛亂又起，萬曆隻得又調兵遣將平叛。

    播州在貴州境內，與四川、重慶接壤，山川險要，又是民族雜居之處，其中苗、侗、水、布依、土家族等部落影響極大。在元朝時這些部落歸順元朝，元朝封這些部落酋長為宣慰司、宣撫司等官，這就是土司之名的由來。明朝取代元朝之後，繼承了元朝的製度。明永樂時期，在此設立布政使，由於此地山川險阻，地勢險要，是西南少數部落中最大的集聚地。民風非常彪悍，故在此設立布政使，下麵任命當地有影響力的部落酋長擔任土司官，對當地實行統治。

    明洪武時期，當地首領楊鏗投降明朝，被任命為播州宣慰司使，楊氏從唐朝時期就統治此地，故明朝也得依靠楊氏家族維護當地的統治。

    萬曆十四年，朝廷賜楊應龍為播州宣慰司使。楊應龍驕橫跋扈，不滿足於此，楊應龍手下兵強馬壯，經常不把布政使放在眼，布政使隻得上報朝廷，提防楊應龍的叛亂。但朝廷此時內憂外患，沒有力量出兵西南，楊應龍更加胡作非為，於萬曆二十一年反叛朝廷。

    朝廷令文臣王繼光擔任總進剿官，武將劉承嗣，郭成兵分三路進行圍剿，要一舉快速圍剿楊應龍。楊應龍見三路兵馬進行圍剿，假意投降，采用聲東擊西之計，暗中派兵占據險要關隘，結果朝廷軍隊被各個擊破，無功而返。朝廷大為震撼，王繼光因戰敗而被撤職，因朝廷在朝鮮與倭國交戰，無法兩麵作戰，朝廷也改變態度，聽取四川按察使王士琦的建議，變快速平剿為招撫楊應龍。

    楊應龍麵對朝廷的招撫，也擔心大兵來襲，故積極認錯，並向朝廷立誓保證，不會再為非作亂，如果能夠得到赦免，他會盡心盡力，為明朝保境安民。朝廷見他認罪態度誠懇，對他叛亂之事不再追究。但免去了他土司的職務，並處罰四萬金，楊應龍對此處罰不滿意。這時，他的次子楊可棟在朝廷做人質時死去，楊應龍十分悲痛，以為朝廷故意為之，不但不繳納贖金。還帶領千餘僧人，為次子招魂而去。楊應龍積極加緊備戰，要給朝廷一次利害嚐嚐。

    萬曆二十四年，楊應龍公然起兵反叛明朝。此時，朝廷將重兵放在朝鮮，對西南軍事部署不足。楊應龍見此情況，不斷出兵攻打周邊，勢力急速擴大，於第二年又大敗明朝軍隊，覺得朝廷軍隊不過如此，更加驕橫跋扈了。

    萬曆二十七年，朝鮮戰場勝利已定，朝廷命貴州巡撫江東之派兵****東之命指揮使李廷棟、楊國柱各率三千兵馬圍剿。楊應龍派楊朝棟、楊兆發在飛連堡迎擊，叛軍佯裝潰敗，引誘官軍至天邦國境內，全殲官兵，萬曆得知大怒，江東之被撤職，任命兵部侍郎李化龍總督四川、湖廣、貴州三省軍務，增調浙江、雲南等省將士，圍剿楊應龍。

    此時，綦江參將房嘉寵跑到播州境內居民家搶錢並殺死五十多人。楊應龍大怒道：“今朝廷不容我，連綦江一個小小的參將也敢欺辱於我，反正都是一死，隻有舍命出綦江，占據險要，方可奪一條生路”。於是率兵八萬，聲稱為死者報仇，並血洗綦江全部官兵六千多人，並屠城，將屍體投入江中，江水因此變為紅色，並在綦江的三溪、母渡、南川立碑為播州界。更聲稱江津、合江原來都是播州的屬地。為了抵禦朝廷的進剿，楊玉龍聯係附近苗族部落，聲稱朝廷要取消土司製度，讓他們利用險要地勢，加強武備，和他一起聯手抵抗朝廷的進剿。

    萬曆二十八年一月，兵部侍郎李化龍帶兵移駐重慶，調四川、貴州、湖廣的軍隊備戰，並切斷楊應龍與少數民族的聯係通道。楊應龍修繕關隘要塞，並揚言要進犯四川，李化龍待兵馬備齊，分路進剿。貴州兵馬分三路，湖廣兵馬兩翼策應，川兵馬分四路。每路約三萬人，其中官兵三成，當地民軍七成，共計二十四萬人馬，齊頭並進，一路勢如破竹，四川副總兵劉綎，英勇善戰，於三月二十九日，攻破婁山關，婁山關失守，播州無險可守，楊應龍隻得退回海龍屯。