聖安東尼奧在這個縮水的賽季的第一個月中表現不佳。但一旦馬刺隊找到比賽的感覺之後，就再沒有人能阻擋他們第一次奪得NBA總冠軍的腳步了。在同紐約尼克隊的第五場總決賽中，約翰遜在還剩下47秒時命中了跳投，幫助球隊獲得了78比77的勝利，也使得球隊舉起了冠軍獎杯。蒂姆-鄧肯在這個係列賽中平均每場拿到27.4分、14個籃板和2.2次蓋帽，並被選為總決賽的MVP。鄧肯身邊的另一名內線大衛-羅賓遜也表現出色。這名全明星球員在他效力馬刺的這第10個賽季中，在總決賽的係列賽麵平均每場得到16.6分、11.8個籃板和3.0次蓋帽。同時，這也使得聖安東尼奧成為了第一支奪得NBA總冠軍的前ABA聯盟的球隊。而在賽季結束後另外一件事情引起了人們的關注。先發的小前鋒肖恩-埃利奧特透露他是在需要接受腎移植的情況下堅持比賽的。同一種罕見的腎部疾病作鬥爭的埃利奧特在8月16日接受了移植手術。他的兄弟諾爾捐獻了自己的一個腎。埃利奧特在17場季後賽中平均每場出場33.8分鍾，並且他完成了著名的“陣亡將士紀念日的奇跡”。在那一天的比賽中，他在還剩下9秒時，踮著腳尖盡力保持身在場內，並命中了一個關鍵的三分，幫助馬刺隊在西部決賽同波特蘭的第二場比賽中以86比85反敗為勝。聖安東尼奧的這個冠軍賽季有一個糟糕的開局，他們在2月僅僅取得6勝8負。但球員們最終找到了最佳的比賽狀態，同時在經驗豐富的搖擺人馬奧-埃利進入先發陣容後球隊也一下子找到了勝利的感覺。在他們慢熱的開局後，馬刺以31勝5負完成賽季，而且他們在整個季後賽中的成績為15勝2負。鄧肯連續第二年被選入NBA的第一陣容。他同時也是NBA中唯一一個在得分21.7（第6）、籃板11.4（第5）、蓋帽2.52（第7）和投籃命中率統計49.5%（第10）中都名列前10的球員。1999年，NBA因為勞資糾紛一度停擺，常規賽也因此從82場變為50場，就在這個特殊的賽季，馬刺隊在“雙塔”的帶領下闖進季後賽，接著又一路橫行，最終殺入總決賽，並以4比1戰勝了紐約尼克斯隊，這是馬刺隊曆史上第一次實現總冠軍之夢，鄧肯也當選為總決賽MVP。2000年到2002年，由於處於“湖人王朝”時期，馬刺隊兩度遭湖人隊淘汰。

    進入2002－03賽季，馬刺知道這將成為大衛-羅賓遜在球隊新主場聖安東尼奧SBC中心更名為AT&T中心征戰的最後一個賽季。為了銘記這個特殊的時刻，馬刺更新了“嘉年華彩色”隊標，回歸原始的銀、黑圖形。今年的馬刺與以往大不相同。2001年NBA選秀大會上選中的法國明星球員托尼-帕克已經成為了球隊首發控球後衛。此外，馬刺陣容還集結了一批新得來的三分手，包括斯蒂芬-傑克遜、丹尼-費、布魯斯-鮑文、史蒂夫-科爾、史蒂夫-史密斯以及1999年二輪簽抽中而今年才開始其NBA菜鳥賽季的阿根廷“妖刀”馬努-吉諾比利。馬刺開局並沒有想象中的順風順水，以19－13的戰績進入一月。一月份馬刺全新的體係開始逐漸成型，隨後在連續的9個主場比賽拿下8場，重登榜首。馬刺隊一路高奏凱歌，在賽季結束前抹去了7場勝差，與達拉斯小牛隊並列贏得NBA最佳戰績。蒂姆-鄧肯隨後打破平局，幫助馬刺贏得了隊史第三個賽區冠軍，自己也理所當然地贏得了職業生涯第二個NBA最有價值球員獎。以中西部賽區第一身份進入季後賽後，馬刺迎來的第一個對手是太平洋賽區第四菲尼克斯太陽隊。第一場比賽馬刺隊就送給了球迷們一個“驚喜”，95：96一分輸給西部第八太陽隊。太陽隊新秀阿瑪雷-斯塔達邁爾利用終場前7.9秒的三分把雙方拖進加時賽並最終險勝。這場比賽，馬刺全隊罰球41罰僅26中。盡管首輪告負，馬刺隊依然憑借高出一籌的實力拿下了第2、3、5、6場比賽，順利晉級。第二輪馬刺隊迎來了洛杉磯湖人隊。在過往的幾個賽季，馬刺曾屢次被湖人擊敗。不過眼看湖人隊日漸衰弱，馬刺複仇的機會到了。他們一開始便在主場以87：82擊敗了湖人。前兩場比賽，憑借著鄧肯、羅賓遜和鮑文的出色發揮，馬刺沒有讓家鄉球迷失望。但來到洛杉磯後，馬刺前兩場的優勢消失殆盡，湖人主場兩連勝扳平了總比分。第5場比賽回到馬刺主場， 湖人“關鍵先生”羅伯特-霍最後一擊失手，2分惜敗馬刺。洛杉磯人感到了不祥之兆。回到湖人主場，馬刺隊110：82讓"OK"組合哭了個痛快。西部決賽，馬刺迎來了最強勁的一個對手——達拉斯小牛隊。兩隊的比賽相當膠著，但在第二場較量中，小牛當家球星德克-諾維茨基在比賽中與馬努-吉諾比利的一次相撞受傷，導致了前者隨後三場比賽的缺陣。馬刺順利地4-2戰勝對手，晉級總決賽。總決賽對手新澤西網隊在東區決賽中以4：0橫掃了底特律活塞隊，坐看馬刺苦戰6局出線。而馬刺隊與網隊的總決賽著實可以用“醜陋”來形容，馬刺隊有些漫不經心，始終保持著勝一場輸一場的節奏，似乎鐵著心要在家鄉球迷麵前奪一回冠，鄧肯永遠不溫不火，不知不覺連續拿下了14個兩雙！網隊在馬刺的防守麵前無所適從，主動權一直掌握在馬刺手中。馬刺再次不出意料4：2戰勝了對手，於是贏得了球隊曆史上第二個NBA總冠軍。鄧肯加冕NBA常規賽和總決賽雙項MVP；大衛-羅賓遜帶著總冠軍戒指在聖安東尼奧告別了14年的NBA生涯；老將史蒂夫-科爾終於能將一隻手的5根手指都套滿總冠軍戒指了；威利斯、史密斯、費、帕克、吉諾比利、巴特爾等人也第一次親手觸摸到了奧布萊恩杯。