六年內三奪總冠軍後，馬刺仿佛已經成為了NBA的名片，也成了每支想要奪冠的球隊必須跨越的一道坎兒。2005-06賽季，馬刺得到了兩屆全明星邁克爾-芬利和全明星尼克-範埃克塞爾。於是馬刺前19場比賽取得16場勝利就顯得並不奇怪了。為了拿下西南賽區冠軍，馬刺麵對同區的小牛，並最終榮登西南區頭名，同時刷新了球隊勝負場次的新紀錄——63-19。馬刺已經連續九年闖入季後賽（直到這個賽季，馬刺和印第安納步行者隊同時保持著連年進入季後賽的NBA最長紀錄，盡管2006-07賽季馬刺連續第10次進入季後賽再次刷新紀錄，而步行者的九年季後賽之旅就此結束）。季後賽首輪麵對薩克拉門托國王隊，馬刺就遇上了不小的麻煩。第二場在加時階段讓馬刺艱難地保住了兩個主場，緊接著又在客場接連敗退。重整旗鼓的馬刺取勝拿下第5、6場，在第二輪與小牛展開“群星混戰”。第一場比賽就奠定了整個係列賽的基調。鄧肯砍下全場最高的31分，幫助馬刺87-85艱難取勝。然而第二場，馬刺就在主場22分之差被小牛肆虐。移師達拉斯再戰，小牛連續兩場上演驚魂時刻，將總比分擴至3-1。背水一戰的馬刺全隊瘋搶籃板，以98-97贏下這場肉搏戰。比賽最後幾秒傑森-特肘擊原隊友邁克爾-芬利，遭到第六場比賽禁賽的處罰。特在整個對抗馬刺的係列賽中狀態都非常好，在季後賽中平均每場貢獻17．9分，在隊內僅次於頭號得分手諾維茨基。他的缺席讓馬刺占足先機，並最終91-86力克小牛，把“搶七”大戰帶回AT&T中心。第七場決戰，馬刺在常規時間末節展開反撲，瞬間抹平了20分的分差，將比賽拖入加時。全場比賽鄧肯狂砍41分、怒摘15個籃板，無奈加時賽中德克-諾維茨基率領的小牛火力全開，全隊斬獲15分，119-111力拔馬刺。

    滿懷著新的決心，為了磨合新老隊員，馬刺隊2006年10月在法國開啟了新賽季訓練營。在11月2日揭幕戰97-91客場挑落達拉斯小牛後，格雷格-波波維奇成為了北美職業籃球曆史上第四位執教球隊獲得10場揭幕戰勝利的主教練（另外三位分別是：湯姆-蘭德、比爾-菲奇和喬治-阿倫）。馬刺開局驚豔，14場比賽中贏了11場，包括相繼戰勝達拉斯、菲尼克斯和休斯敦。蒂姆-鄧肯也有幸在那段時間成為了職業生涯總分超過15000分大家庭中的一員。馬刺隊史的新紀錄12連勝直到102-111不敵金州勇士後才畫上了句號。2006年12月2日戰勝國王隊後，馬刺超越凱爾特人，以59.5%的勝率榮登曆史第二名。然而隨著賽季的進行，馬刺實現崇高理想的道路愈加坎坷。一月收獲9勝7負擔成績後，二月初又不得不吞下1勝3負的慘淡戰果。幾場激戰過後，馬刺很快已經被達拉斯小牛和菲尼克斯太陽落下很遠。事實上，馬刺領先西南賽區第三名火箭也僅僅1.5個勝場。交易傳聞漸漸籠罩灰心喪氣的馬刺。交易截止日已經非常臨近，波波維奇不得不在是否保持現有團隊間作出決定。他決定不進行交易。這仿佛成了整個賽季的轉折點，馬刺暗下決心打好剩下的每一場比賽。二月和三月，馬刺通過強硬的防守和在絕境中投進關鍵球一舉豪取13連勝。在常規賽後期的31場比賽中25勝6負，場均得到98.9分，同時將對手限製在場均87.9分，重回西部強隊之列。即便馬刺依然趕不上西南區冠軍小牛隊，他們還是以良好的狀態殺入季後賽。馬刺在主場贏來2007年季後賽的首場比賽，對手是丹佛掘金。馬刺的慢熱在常規賽早就顯露出來，這樣的狀態一直延續到了季後賽。相對於掘金的頑強，馬刺一開始還沒找不到感覺。“黃金雙槍”順勢砍下了61分，而鄧肯隻有14分10個籃板進賬。掘金首戰95-89力克馬刺。第二場，“石佛”鄧肯終於恢複了自己應有的狀態，22分7個籃板幫助馬刺97-88取得勝利的同時扳平了大比分。從此之後，馬刺就再也沒有給掘金翻身的機會。除了鄧肯和帕克的穩定發揮，老將芬利、霍紛紛發飆，馬刺幹淨利落地4比1淘汰掘金，邁入第二輪。當馬刺將掘金拒之門外時，常規賽67勝15負的小牛卻2-4爆冷敗給了金州勇士隊。小牛隊意外出局時的馬刺次輪對抗菲尼克斯太陽隊的比賽成為了季後賽的焦點之戰。場均30.2分12.5個籃板3.1記蓋帽的鄧肯再次在強強對話中占據了內線的優勢。哪怕是不可一世的“小霸王”阿瑪雷-斯塔德邁爾，在鄧肯麵前也顯得無能為力。雖有助攻好手史蒂夫-納什，但“三叉戟”和強硬的板凳讓馬刺在這次“準冠軍”比賽中顯得更具冠軍氣勢。馬刺最終4-2告捷，但第四場中對納什惡意犯規的羅伯特-霍遭到了禁賽2場的處罰。那些說“馬刺對太陽係列賽就相當於總決賽”的沒有說錯。馬刺隨後4-1輕取猶他爵士，挺進2007NBA總決賽。馬刺隊在總決賽中以4比0橫掃勒布朗-詹姆斯所率領的克利夫蘭騎士隊，再奪總冠軍，成為NBA曆史上繼凱爾特人、湖人、公牛隊後，第四支奪得4次及以上總冠軍的NBA球隊。

    2007-08賽季中聯盟進行了幾場大交易，包括凱文-加內特和雷-阿倫攜手加盟波士頓凱爾特人隊，沙奎爾-奧尼爾進駐菲尼克斯太陽隊，以及保羅-加索爾入夥洛杉磯湖人隊。馬刺沒有卷入任何大交易，隻是賽季中期交易到了西雅圖的“瘋狂之眼”科特-托馬斯。盡管打出了17勝3負的強勁開局並且在二、三月份連勝11場，馬刺依然屈居幾支剛剛經過大交易的球隊以及其他幾支迅速崛起的球隊之下。馬刺以56-26的成績以西部第三的身份挺進季後賽。馬刺在季後賽第一輪再次麵對去年飽受爭議的半決賽對手菲尼克斯太陽隊。馬刺隊4-1淘汰太陽晉級西部半決賽。次輪的對手是以克斯-保羅為首的新奧爾良黃蜂隊。馬刺和黃蜂鏖戰7場後險勝對手，與湖人會師西部決賽，但最終1-4遺憾結束衛冕之旅。2008-09賽季，馬刺隊迎來了第四次衛冕之旅，但最終收獲的卻是一個失意的賽季。三連敗的開局創造了1973年以來的球隊最差開局。馬努-吉諾比利因為右腳踝上的老傷隻打了44場比賽。馬刺於是被迫依靠托尼-帕克和蒂姆-鄧肯兩人扛起球隊大梁。帕克不負眾望，在場均得分和助攻上均創造職業生涯新高。馬刺以54勝28負的結束常規賽，位列西部第三、西南賽區第一。在常規賽末段爆發出來的傷病問題令馬刺受到了沉重打擊，鄧肯的膝傷和吉諾比利的賽季報銷打亂了球隊的計劃，加上防守端布魯斯-鮑文因為年紀的原因而功力大減，整支球隊都處在青黃不接的狀況中。雖然在常規賽最後，馬刺依然因為火箭的失誤而奪得了10年來第8個西南區冠軍，但在季後賽首輪中，球隊已經完全無法遏製住小牛隊。天賦的差距在此刻以極端的形式體現了出來：在前幾場比賽中，雖然馬刺隊在相當程度上遏製了小牛隊箭頭人物諾維茨基和特的得分，但卻無法殺死對方的第三、第四點；反觀馬刺隊自己的進攻，盡管鄧肯和帕克加起來幾乎每場都能得到50以上的分數，但其他人幾無建樹。最終，馬刺1-4不敵達拉斯小牛隊，標誌著球隊自1999-2000賽季以來首次夭折季後賽，也是鄧肯加盟以來的第一次。 2009年NBA選秀大會兩天前，考慮到球隊年齡和健康問題，馬刺總經理R.C.布福德將38歲的布魯斯-鮑文、36歲的科特-托馬斯和34歲的弗朗西斯科-奧博托三位老將送至密爾沃基雄鹿隊，換來29歲的鋒衛搖擺人理查德-傑弗森。馬刺帶著三張二輪簽進入2009年選秀大會，在第37順位“撿了一個大便宜”——來自匹茲堡大學黑豹隊的前鋒德胡安-布萊爾。2009年7月10日，馬刺與底特律活塞隊前鋒安東尼奧-麥克戴斯簽下了三年約1500萬美元的合同。陣容的一半都降到了30歲以下。由三個老將的零碎合同換來理查德-傑弗森的交易被認為是一筆經典馬刺式的“打劫”，這筆交易為馬刺帶來了一個場均接近20分5籃板的全明星級小前鋒，填補了銀黑軍在三號位上的空缺的同時，也大幅度增加了馬刺的得分能力。麥克戴斯和拉特利夫則為馬刺的內線帶來了硬度，比起上賽季的托馬斯和奧博托來說是一個跨躍式的升級。馬刺在常規賽中飽受傷病困擾，不過還是取得了50勝的戰績。季後賽首輪，馬刺再次遭遇達拉斯小牛隊。盡管第一場落敗，馬刺還是在後麵的5場比賽打出風格，4比2爆冷擊敗了西部第二小牛隊，創造了一個“黑七奇跡”，但在第二輪慘遭菲尼克斯太陽隊橫掃。