據，朱元璋在遠處望南京的一座山時，總能見到有雲氣浮浮冉冉，紅紫相間。風水師告訴他，這就是傳中的王氣，真龍都藏在那，等待機會騰空而飛。

    洪武十四年（181年），朱元璋和在風水學上造詣很深的劉誠意、徐中山探討寢陵的地址。三人都把地址寫在一張紙上，最後拿出來一對，居然都是“龍山”二字。朱元璋遂決定在龍山營建陵墓，而“龍山”就是今的“鍾山”，那座朱元璋經常看到有雲氣的山。

    事實上，朱元璋所選取的“龍山”真的是一風水寶地。早在東漢末年，“龍山”就被諸葛亮、孫權等政治家視為“龍蟠”之地。朱元璋雖然接近於文盲，但對這種“外史”還是略知一二的。我們可以想見，這位明帝國的締造者生前一定經從朝陽門出城，在鍾山腳下尋覓自己的歸屬寶地。在無數次的踏尋後，他終於勘察到了這個不宜多得的風水寶地，而他的臣子們對他也投去了附和的意見。

    鍾山有東、中、西三峰，古代的風水學稱其為“華蓋三峰”。按照中國傳統，以中峰的地位最高。而孝陵所處的獨龍阜，恰好處於中峰南麵的玩珠峰下。當諸葛亮與孫權將此地視為“龍蟠”之地後，梁代高僧寶誌和梁武帝蕭衍也看中了這塊風水寶地。

    就在他下令寢陵開始興建時，有人報告他，寶誌和尚在這有個寶公院，阻擋了施工。他雖然當過和尚，但對自己曾經的同類一點都不客氣，斷然下令將寶公院往東挪。傳，在搬寶公院時，寶誌和尚的塑像沒有人能搬動，夜幕降臨時，塑像就會有金龍纏繞，龍的麵目猙獰，嚇得施工士兵逃跑大半。朱元璋得知此事後，親自來到塑像前，朝塑像許諾，若可東挪以後香火不斷，全由自己供給。寶誌和尚的塑像這才被挪到了東麵。

    這件事不久，施工的人再次報告他，遇到了孫權墓。他看著主體陵寢前麵一個凸地的土包，這就是三國時吳國碧眼長髯的孫權的陵墓，：孫權也是一條好漢，留著他為我守門吧。

    無論是當時還是今，鍾山都是一塊風水寶地。朱元璋選擇金陵“龍脈”以為葬地，是完全符合風水要義的。他先在鍾山的南麵建造自己的帝陵，又在鍾山的背麵陪葬功臣，讓自己的臣子在死後也護衛著自己，南北對應，尊卑昭然。

    孝陵開建的第二年，皇後馬氏去世，遂被葬入孝陵。馬皇後卒諡“孝慈”，對於母儀下的女人來，沒有比這個稱號更為尊崇、確切的了。這座明代最大規模的陵寢也因此被稱作孝陵。