朱允炆最終被叔叔打得不知所蹤，的確是曆史上一大怪事，首先，朱允炆乃是一個已經成型的中央集權國家的君主，而朱棣不過是一個藩王。作為帝國的君主，朱允炆一旦下令開戰，整個帝國的機器都會一起開動，朱棣所能開動的不過是他掌握的三十萬軍隊和帝國三十分之一的領土而已。況且，朱棣名不正言不順，無論如何，這場叔侄大戰失敗的都不可能是朱允炆。但，結果卻是，他就是敗了。

    有一個原因很重要，就是他違背了朱元璋《皇明祖訓》的規定，他一登基，就下令削藩。這無疑等於向親王開戰。在許多親王看來，他犯了冒下之大不韙的錯誤。就在他宣布削藩並開始行動時，監察禦史康鬱就上書，指責他純粹是持一己偏見而削藩。朝中大臣對叔侄之爭都抱著冷漠、保身的態度。另外，在對待削藩的問題上，他犯了一個“先削弱藩後削強藩”的策略上的錯誤。

    他最應該先對付的是叔叔朱棣，但卻一直留到最後。他削五王時風掃殘雲，卻在削朱棣時於心不忍，他，我即位不久，就連廢五王，若又削燕，怎跟下人交代呢！

    可就在他開始削藩不久，朱棣就已經開始準備造反。建文元年7月，他已經做好了十足的準備起兵造反，朱允炆這才被迫應戰。但良機已失。

    第二個錯誤就是朱允炆的仁愛孝友，有時候，以這種態度去對待仇人就是婦人之仁。當帝國的優秀武將耿炳文率軍北伐時，他就再三告誡出征將士：千萬不要讓自己背上殺叔之名。這就等於下達了不要傷害燕王性命的命令。

    而朱棣也的確不要臉，在戰場上一旦遇到危急情況，他就站在隊伍前麵，就用侄子的這句話告誡對方，趁勢掩護軍隊逃跑。東昌戰役中，朱棣幾乎全軍覆沒，但由於諸將奉皇帝的命令，都不敢對朱棣趕盡殺絕，最終，朱棣自己殿後，後麵的追兵像是護送他一樣，眼睜睜地看著他逃走。這次戰役如果沒有朱允炆的口諭，那，朱棣早已經歸西了。

    再次，朱允炆在皇宮中長大，沒有任何政治經驗，又年輕，雖然受到朱元璋的栽培，但實踐經驗卻少得可憐，再加上他本人的性格，注定了這位全日製大學生和在社會曆練的朱棣不能同日而語。當建文三年11月，整個戰爭形勢即將發生根本轉變時，這個大學生還陶醉在“大強弱之勢不同，而順逆之理異也”騙鬼的迷夢中。

    最後一點，朱允炆錯用了一個飯桶李景隆。此人一生下來似乎就學會了怎把戰爭打得最慘的技巧，更是學會了如何讓對自己有信心的人喪失信心。結果，他實現了自己的人生價值，把朱允炆交給他的軍隊全部送進了地獄。從這一點可以看到，建文一朝已經無大將可派，因為許多優秀的武將已經被朱元璋殺光了。