在武器裝備上，秦牧之請李鳳苞在德國購置過山炮、半陸路炮，步兵騎兵則買來複槍、毛瑟槍等，連美國工程師馬克沁在188年設計的馬克沁重機槍，也不惜托容閎找關係花血本買了一挺。秦牧之還給軍官們買了時表、雙筒望遠鏡、雨衣雨帽、洋鼓洋號。全部采用新式練兵方法。

    秦牧之還對其中一些操練的細節，根據他在現代軍校學的東西，進行了修正，比如“開快步走”改成“起步跑”，“向前望”改成“向前看”，裝槍前不喊預備，直接喊“裝槍”，一切以簡單實用為原則。

    秦牧之對第一批學員傾注了巨大的心血，對段祺瑞、馮國璋、王士珍都格外照顧，比如段祺瑞的弟弟妹妹在合肥老家，秦牧之派人把他們接到津，還贈送了一套住宅給他們。馮國璋家缺錢，秦牧之一出手就是一百兩紋銀，雪中送炭。王士珍和寡母住在一起，他的母親年事已高，有眼疾，秦牧之派人去給她找最好的郎中，還讓馬格介紹西醫給她治好了白內障，段祺瑞、馮國璋、王士珍對秦牧之誓言效忠。

    對其他學院，秦牧之也用心良苦，每一次發學餉，他都親自去送到每一個學員的手，對他們噓寒問暖，看看他們家有什困難，能幫助解決的盡量解決，日子久了，秦牧之幾乎都能叫得上每一個人學員的名字，這些學員一看這將軍跟以前壓榨他們油水的長官有壤之別，對秦牧之也死心塌地。

    秦牧之以徐世昌、馮國璋、段祺瑞、王士珍為骨幹，給軍官學員始終灌輸一種集體思想，培養他們的榮譽感：“我們都是北洋一期的生死兄弟，生是北洋的人，死是北洋的鬼”。

    第一批學員大都出身卑微，訓練刻苦，不久，就有所成，出操用炮，也有模有樣了。秦牧之覺得時機成熟了，就請李鴻章來陸軍軍官學堂視察。李鴻章到了校門處，看到“升官發財請往他處，貪生怕死莫入此門”的對聯，不禁拍了拍秦牧之的肩膀，大讚“後生可畏”，再看學員們的會操，想起了自己當年練淮軍的情景，不禁誇讚秦牧之“將來必青出於藍而勝於藍”。

    秦牧之知道李鴻章從安徽合肥農村走出來，現在成了大清帝國的頭號漢臣，他本人就是一個傳奇，是軍官學員們人人欲效仿的偶像，所以趁機請李鴻章作重要講話，李鴻章猶豫了一會，覺得自己確實有很多話想要講，便答應了。

    當時，練兵場的空飄起了雨，一千多個學員站得筆挺，在雨中聽完了李鴻章慷慨激昂的演講，這一場“師夷長技以製夷”的演講至今仍然振聾發聵：“老夫竊惟歐洲諸國，百十年來，由印度而南洋，由南洋而中國，闖入邊界腹地，凡前史所未載，亙古所末通，無不款關而求互市。我皇上如之度，概與立約通商，以牢籠之，合地球東西南朔九萬之遙，胥聚於中國，此三千餘年一大變局也。我朝處數千年未有之大變局，竊以為下窮則變，變則通。中國士夫沉浸於章句楷之積習，以致所用非所學，所學非所用，中國文武製度，事事遠出西人之上，獨火器萬不能及。故以為中國欲自強，則莫如學習外國利器；欲學習外國利器，則莫如覓製器之器，師其法而不必盡用其人，欲覓製器之器與製器之人，則或專設一科取士，中國但有開花大炮輪船兩樣，西人即可斂手！火炮之利，有賴諸君了！”

    北洋陸軍軍官像秦牧之在中國埋下的可燎原的星星之火，使他在淮軍中的多了“校長”這一稱呼，入陸官學堂者，都成了他的學生。李鴻章還為秦牧之請功嘉獎，慈禧太後封秦牧之為正二品的總兵，賞賜黃馬褂一件。

    就在秦牧之忙著陸軍軍官學堂的事時，即將成為日本首相的伊藤博文，農商大臣西鄉從道帶領強大的外交團，氣勢洶洶來津找李鴻章討“公道”，日本人覺得自己在朝鮮的開化黨政變中受了莫大的委屈，日本駐朝公使竹添進一郎回國後，為了推脫責任，自己是奉朝鮮國王李熙的手詔才帶兵進攻勤王，卻被秦牧之帶淮軍攻打，大使館也被燒了，傷亡慘重，他們想找中國索賠損失一百萬兩白銀，竹添進一郎帶來刺殺秦牧之的“殺手團”，也混在外交隊伍，秘密來到津。

    秦牧之是朝鮮政變的親曆者，加上辦軍校隻是兼職，他還擔任著“朝鮮通商大臣”的職務，李鴻章便讓秦牧之也參加和日本外交使團的談判。外交談判是一場沒有硝煙的戰爭，重要性有時超出真正的戰場，唇槍舌劍關係一國的核心利益，所以秦牧之毅然決定去會會這個伊藤博文和西鄉從道。秦牧之知道此時的日本，已經不安心再蟄居島，想要贏得亞洲的霸權，對外擴張的爪子已經蠢蠢欲動，藏不住了。

    中日談判的地點在津南的一棟三層紅色洋樓，伊藤博文個頭不高，前腦門也很光亮，留著八字胡，穿著黑色燕尾服，他身後的西鄉從道等人也一律西裝革履，顯得很文質彬彬。但走到談判桌前一坐定，伊藤博文就氣勢洶洶對李鴻章發難：“此次來貴國主要為兩件事，我們先談日本在朝駐兵的事，前幾年日使館遭朝鮮暴民焚毀，日本不得已才在朝駐兵保護，日本國才在朝鮮駐紮一千人，大清國現在卻駐紮了三千兵，不如兩國都退兵，永結於好。”

    伊藤博文這話得很好聽，雙方都退兵，永遠和平相處，實際上，包藏禍心，中國是朝鮮的宗主國，在朝鮮駐軍那是理所當然的事，而日本在朝鮮駐軍是以保護使館的名義，一旦朝鮮沒有暴亂，日本理應退兵。他現在提出兩國都退兵，實際上等於要中國放棄對朝鮮的宗主國地位。

    李鴻章是一位老辣的談判高手，當然不會上伊藤博文這個當，他故意裝得很吃驚，不緊不慢問坐在旁邊的秦牧之：“日本國在朝鮮竟然還有駐軍？老夫怎不知道這事？”

    秦牧之：“前些年大院君帶兵叛亂，日本前任駐朝鮮大使花房義質自己放火燒了日本使館。後來日本以平叛為名，派一千日軍到朝鮮，就賴在漢城一直沒回去。”

    伊藤博文一聽，趕忙：“當時花房義質和貴國吳長慶將軍是簽訂了駐軍協議的。”

    李鴻章：“中國是朝鮮的宗主國，朝鮮的事情老夫了算。吳長慶和日本簽訂的協議沒經過老夫批準，無效！再朝鮮的叛亂當時我軍就平定了，大院君現在還被老夫關押在津呢，日本沒有理由再在朝鮮駐軍，這事不用談了！”

    李鴻章現在因為定遠號、鎮遠號與濟遠號三艘巨牛逼的鐵甲軍艦已經到了津港口，又剛搞定了法國佬，此時表現得相當硬氣，這一句“這事不用再談了”就把伊藤博文氣得半死。不過這事確實是日本理虧，朝鮮現在很穩定，日本沒理由再駐軍，伊藤博文便開始談第二件事，他拿出朝鮮國王李熙的“日本公使來衛朕”手詔，指著秦牧之，很氣憤地對李鴻章：“那我們還是談談去**，去年朝鮮國王傳詔竹添公使帶兵進宮勤王，貴國士兵不由分，攻打王宮，打死日本兵，中堂大人理應把帶兵的軍官抓起來問罪，而不是讓他坐到談判桌上跟我們談判。”

    李鴻章接過手詔看了一眼，捋了捋自己花白的胡子，不好再什，遞給秦牧之。

    秦牧之看了看“日本公使來衛朕”這七個字，：“這手詔是金玉均、樸泳孝等亂黨脅迫寫的，不算數。