崇禎皇帝麵對的不僅是後金的對線，還有各地的農民起義軍。

    陝西三邊總督楊鶴對農民軍剿撫並用，部分農民軍流動至山西。十二月，加派“遼餉”153萬餘兩，合原加派“遼餉”共計680萬餘兩。

    崇禎四年正月，賑濟陝西災民，定議對農民軍實行以撫為主的政策。

    崇禎六年，農民軍大批度過黃河，進入河南地區。

    崇禎七年正月，以陳奇瑜為五省總督，主持圍剿河南、陝西等處農民軍。

    崇禎八年正月，農民軍克鳳陽，掘皇陵。張獻忠的軍隊進攻明皇陵所在地安徽鳳陽，用了不到一天的時間，將鳳陽駐守的兩萬官軍擊敗。

    官軍失敗後，當時的總漕楊一鵬不願投降，又召集人馬，率領兩千多士兵前去抵抗。但是這兩千士兵都是臨時召集的老百姓，根本不會作戰，因此和張獻忠的軍隊一觸即潰，四散奔逃。

    當時的鳳陽沒有高大的城牆，因此張獻忠的軍隊很快就占領了鳳陽。張獻忠的軍隊占領了鳳陽之後，開始向鳳陽城南七公處的明皇陵進發。

    明皇陵是埋葬明太祖朱元璋父母和兄長的地方，占地兩萬多畝，明皇陵的地上建築還保存完好。

    結果張獻忠的軍隊在那大肆破壞，史料稱“賊焚皇陵，樓殿為燼。燔鬆三十萬株，殺守陵太監六十人，縱高牆罪宗百餘人”。

    也就是說張獻忠的軍隊將明皇陵的地上建築，比如亭台樓閣等一把火燒為灰燼，而且將明皇陵附近的三十萬株鬆樹也燒了。

    而且還殺死了看守皇陵的六十個太監，此外還將被關押在那的一百多皇族子弟給釋放了。

    當時的中都（鳳陽是明朝的中都）留守朱國忠，麵對攻進城的張獻忠軍隊，英勇抵抗，和敵人展開了巷戰。

    朱國忠親自斬殺了二十七個敵人，最後力竭而死。指揮包文達在和敵人作戰的過程中肋部中了箭，被敵人追上擒獲。

    敵人命令包文達脫甲投降，但是包文達不但不投降，反而怒罵敵人。惹惱了敵人，被敵人砍斷了左手臂，割走了腦袋。

    戰鬥結束後，張獻忠軍隊的首領“掃地王”和“太平王”進入鳳陽府知府大堂。

    鳳陽知府顏容暄為了活命，穿著囚犯的衣服躲在鳳陽府的大牢麵。結果還是被認出來，後來被用棍子打死了。

    此後“掃地王”等人又處死了鳳陽府的推官萬文英等六人，還處死武官四十一人，其餘“士民被殺者數萬，剖孕婦，注嬰兒於槊，燔公私邸舍二萬二千六百五十餘間。”

    做完這一切之後，張獻忠的軍隊在鳳陽公開“恣掠三日”。不久明朝鳳陽總兵楊禦藩，帶領三千人馬來支援。

    南京方麵的援兵也向鳳陽集結，張獻忠的軍隊才離開了鳳陽，向廬州進發而去。

    後來明皇陵被焚燒的消息傳到了京城，崇禎皇帝得知此事後，痛不欲生。

    在太廟穿著喪服放聲痛哭，因為他覺得自己愧對列祖列宗。為了泄憤，崇禎將鳳陽巡撫和巡按禦史全部處死，但是已經為之晚矣。

    崇禎八年五月，高迎祥匯合多支農民起義軍，向西安發動進攻，逼得明朝三邊總督兼五省總督洪承疇隻能據城死守。